感到时机逐渐成熟的周瑜，于靖康五年十一月下旨，改中央官制为“三省六部制”。
三省即中书省、门下省、尚书省。“中书取旨，门下封驳，尚书奉而行之”，是三省分工原则，从而彼此制约，以掌管国家大政。
中书省主要负责秉承皇帝旨意起草诏敕，起草之责主要由中书舍人负担。中书令为中书省的长官，副长官为中书侍郎。作为皇帝身边最为亲近之人，体察上意、善传旨意这些皆是重要的能力，周瑜自是要任用才德兼备之人，一番斟酌之后，周瑜任命孙权为中书令，刘巴为中书侍郎。
门下省的长官为侍中，副长官为门下侍郎，主要职官有给事郎。门下省主要负责纠核朝臣奏章，复审中书诏敕，如认为不当，司以封还和加以驳正，称“封驳”。驳正之权主要由给事中掌握。
按周瑜之旨意，门下省有谏诤之责，以匡正皇帝的过失，其长官须得刚正不阿，不畏权贵，周瑜看遍朝中百官，却寻不到历史上辅佐唐高宗的魏征这一类宁死也要谏诤的人才，故此周瑜只得以才能、资历等来衡量选人，最后任命鲁肃为门下省侍中，虞翻为门下侍郎，以青年才俊司马懿、陆逊、赵咨等人为给事郎。
尚书省统管六部，其长官尚书令权责极大，为示恩宠，周瑜特将此职位封给了一直为其出谋划策立下大功的贾诩，尚书令的副手是左右仆射，分别由陈宫和诸葛瑾担任。
仆射之下有左右丞、左右司郎中、员外郎、负责都省职事，这些重要的职位，周瑜都一一亲自选定人员，以老带新，充分考虑了人员的继承性，确保职位不会出现空缺。
尚书省下设有的六部，分别为：吏部，负责考核、任免四品以下官员。户部，负责财政、国库。礼部，负责贡举、祭祀、典礼。兵部，负责军事。刑部，负责司法、审计事务。具体审判另有大理寺负责，重大案件组织刑部、御史台、大理寺会审，谓三司审。工部，负责工程建设。
可以说，吏户礼兵刑工这六部，是统治管理全国的实打实的核心部门！这六部的负责人，官职称尚书，副职称为侍郎。周瑜为了这六部的负责人选，可谓是花费了很多精力！
前期一直支持周瑜霸业的江东世家大族，肯定是不能不予考虑，当择其才高者上位。平定中原之后归附的人才，出于安定人心以及朝政平衡的考虑，也必须选出合适人选担当六部之要职。这些年月，经过藏书院的培养、在荆扬一带管理地方的青年官员，也有表现优异的，当提拔至朝廷予以重用。
吏户礼兵刑工六部每部的长官为尚书，副长官为侍郎，周瑜最终确定的六部主要官员如下：
吏部尚书：张昭，吏部侍郎：诸葛亮
户部尚书：吕范，户部侍郎：步鹫
礼部尚书：陈群，礼部侍郎：蒋琬
兵部尚书：甘宁，兵部侍郎：高顺
刑部尚书：法正，刑部侍郎：袁涣
工部尚书：刘晔，工部侍郎：费祎
三省六部架构及主官人选一定，则朝廷中枢的官制格局便已确定，在运转了三个月之后，中央官制终于理顺，周瑜随即开始了地方官制的变革。
那就是行省制。
在真实的历史上，行省制是在元代早期开始的，由元世祖忽必烈创立并推行。
周瑜知道，元代的行省制度是秦以来郡县制的一大发展，它有利于统一的多民族国家的巩固，对明清以及后来政治制度有深远影响，行省从此成为华夏大地的地方行政机构，一直保留至后世。在统一的多民族国家里，各民族的接触和联系进一步加强，出现了华夏历史上又一次民族融合的局面.
按照元代的行省制度，各行省“掌国庶务，统郡县，镇边鄙，与都省为表里，……凡钱粮、兵甲、屯种、漕运，军国重事，无不领之”，这是中央朝政与地方行政的一种分权，从制度层面而言，元代行省辖区广阔，权力集中，地方军、政、财权无所不统。行省的权力可谓极大。
周瑜深知，在目前的形势下，完全照搬后世的行省制度，会带来较大的弊端，自汉末以来，群雄并起，根源之一便是州牧制度，让州牧拥有了其统治区域的大权，便有了争霸天下的野心。
这一点，是必须要避免的。
按照周瑜的设想，行省制的设立，从范围上来讲，要把原先的天下十三州划分为地域更小的几十个行省，即行省的长官可以管理的区域不超过原先的3~4个郡。从职权上来讲，行省的长官仅仅负责区域内的行政事务，所收税赋全部上缴，朝廷再根据各行省情况下拨款项，以维持行政机构的运转。而军事权力，则是必须牢牢抓在朝廷手中的，各行省的驻军，除了守备城郭的普通士卒之外，均由兵部统一管理和调度，行省长官欲调用军队，须得兵部同意方可。
如此一来，中央集权的威力便大增，而这在大华帝国创立的早期，是必须要这样做的。
靖康六年二月，周瑜下旨，改地方官制为“行省制”！
靖康六年二月之前的地方官制，仍沿用东汉十三州的州郡县制，即司州，豫州，兖州，徐州，青州，凉州，并州，冀州，幽州，扬州，荆州，益州，交州。
在新的行省制里，十三州被重新划为五十个行省，如把扬州六郡，分为四个行省：淮北省，下辖九江郡、庐江郡共二十八县；安西省，下辖丹阳郡、豫章郡共三十七县
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