但是随着蒙哥的战死，实力最大强大的拖雷系内部首先出现了分裂。在整个蒙古世界的眼中，忽必烈在开平的自称为大汗完全是非法的。因为按传统，库里勒台应该在蒙古召开，会前应召集成吉思汗的四个兀鲁思的代表们出席。兀鲁思在蒙古语中意为“人众”，也就是封国的意思。在几乎没有得到任何封国承认的基础之上，忽必烈的政令自然不可能通行于整个蒙古帝国，甚至连留守蒙古帝国龙兴之地—和林的小弟—阿里不哥也不支持忽必烈的决定。
忽必烈和阿里不哥之间首先开始的内战，不仅向整个蒙古帝国发出了各自独立的信号。甚至还影响到了正挥师从巴勒斯坦冲向开罗的旭烈兀。无论是出于东归逐鹿，还是希望可以劝解这场兄弟之战的目的，蒙古帝国最终都与征服埃及，乃至整个北非的历史机会擦肩而过。而以由怯的不花所统帅的蒙古驻军在叙利亚被拜巴尔一世歼灭为标志，蒙古帝国对西方持续的扩张从此止步。在接下来的漫长岁月里，蒙古帝国的版图被不断蚕食，最终消泯于历史的长河之中。
因此从这个角度而言，创立了蒙古帝国在中原地区绝对统治权。毕竟遵照刘秉忠的建议取《易经》“大哉乾元”将自己的帝国更名为“元”的忽必烈可以说是蒙古帝国的真正掘墓人。而在登基为帝之后，忽必烈在始建大都的同时，又将自己的根据地—开平府升级为元上都。取代了原先孤处漠北的和林的位置。
按照忽必烈所设计的两都巡幸制度。每年4月，元朝皇帝便来上都，9月秋凉返回大都，皇帝在上都的时间长达半年之久。皇帝在上都期间，政府诸司都分司相从，以处理重要政务。除此之外，皇帝要狩猎行乐，还要举行蒙古诸王贵族的朝会和传统的祭祀活动。尽管元上都并不是中国北方游牧民族所建造的第一座草原都城。但它的规模却无疑是最大庞大的。
根据史料记载，元上都的城垣周长8公里多。城内有官署约60所，各种寺庙堂观160余处，驿道四通八达，为漠北与中原的交通枢纽。全城由宫城、皇城、外城三重城墙组成。元上都城在皇城的中部偏北。宫城是全城的核心，有东华、西华、御天三门，城墙用砖包镶，其中南边的御天门最为重要，它与皇城南门明德门在一条中轴线上，是出入的主道。作为帝国的主宰—皇帝所下达的诏旨，都要在御天门上发布，再送住大都，然后转发全国各行省。
主要宫殿楼阁和官署、宫学建在宫城内。宫城建有水晶、大明、鸿禧等殿，大安、延春等阁，华严、乾元等寺庙。宫城内还有泉池穿涌其间，园林特色十分明显。大安阁是宫城内最主要的建筑，也是上都城的象征。它是元世祖移取汴梁的金朝南京熙春阁的材料所筑成，建于1266年。皇城在全城的东南角，城墙外砌砖石，寺庙、国学和部分大型建筑在皇城内。外城北部是皇家苑囿和金顶大帐“棕毛殿”的建筑所在。城外东、南、西有关厢，其范围很大，建筑遗迹甚多，百姓民居和商肆店铺工匠仓库主要集中在关厢地带。每年春夏秋三季，上都城的城外比城内更繁华，流动人口数十万，乃至上百万之多，城区方圆数十公里。城西还有离宫西内，周围十里，建筑以行宫和营帐为主。还有一处方圆25公里的大御花园，北郊则有很多寺庙、宫观等建筑。
公元1274年，元上都的设计者—刘秉忠随忽必烈又一次来到自己所设计的都市避暑度夏。这一年的八月，他在南屏山别墅无疾而终，时年59岁。在他身后，元帝国一再对他加官进爵，甚至进封常山王。在有元一代，汉人有这样尊贵荣誉的人，仅刘秉忠一人。但是据说精通周易，甚至在明士大夫的笔记里，能预测盗取自己墓葬罪犯姓名的刘秉忠却或许永远也不会想到，他所设计的这座城市，在他和忽必烈死后几乎再无安宁之日。
“南坡之变”、“两都之战”、“上都兵变”等元帝国宫廷内斗的活剧以元上都为中心频繁上演着，最终于元上都建成99年之后迎来了它的终结者。据说上都周围十八座烽火台上的十夫长们在那一天“晨起而登高眺望灿烂朝霞”，但举目远眺所看到的却是另一片可怕的红潮—在来自中原的汉人将军关铎的指挥之下，头裹红巾的农民军浩浩荡荡地从大同府北上，越阴山，军常无留行，直趋“执理九十九政之上都开平”。曾经被如牛羊一般驱赶、猎杀的汉族战士冲破了九道由蒙古铁骑组成防线而将松油火把扔上了大明殿的屋檐，无数珍宝累积而成的上都开平因而烟火缭绕七日而不灭。火光映耀着来自中原的复仇的长枪，繁华上都城最终成为了废墟……。
和蒙古铁骑摧毁的其他历史名城相比，元上都远没有燕京、汴梁、莫斯科、巴格达那般的幸运。尽管残垣断壁之间，依旧盛开着密密匝匝的金莲花。那形如莲花、色如金簪的花朵成了这片草原活着的灵魂。它们年年盛开，岁岁辉煌却早已无法唤回北遁的蒙
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