警方这次搜查了25处场所，初步确定了奥姆真理教与地铁惨案的关系，奥姆真理教的一些头目也陆续落网。然而奥姆真理教信徒企图反扑，3月30日负责调查此案的警视厅长官国松孝次遭蒙面枪手袭击，身受重伤。4月13日该教一名信徒在电视台接受采访时警告，一场比神户大地震更加严重的灾难即将来临。
4月19日，横滨火车站遭毒气侵袭，近400人送入医院。21日，横滨火车站附近一家商店受到不明气体侵袭，25人被送到医院。27日日本警察厅下令在全国搜捕奥姆真理教教主麻原彰晃。奥姆真理教在日本所有的总部、支部都被秘密地监控着。除了较早时已以各种名义扣留的奥姆教骨干外，“奥姆帝国”的核心人物，包括麻原“天皇”、各部“大臣”，都在警方的严密监视之下。在“奥姆帝国”总部，虽然停放着一架前苏联的军用直升机，麻原也插翅难逃了。这个邪教总头目只能藏匿在上九一色村营地，等待警方来破门拘捕。
警方发现了麻原的行踪后，于5月16日派遣几百名头戴钢盔、全副武装的警察奔赴上九一色村抓捕麻原。警察用焊枪烧开奥姆真理教总本部的大门，进行全面搜查。当搜查人员拆开第六奥姆真理堂二层与三层之间只有一尺高的密室厚板时，发现麻原正藏在这个密室之中。“法力无边”而具有“飘浮神功”的奥姆真理教的“神圣法皇”此时却乖乖地束手就擒。日本警视厅以杀人和杀人未遂罪逮捕了奥姆真理教教祖麻原彰晃，同时还袭击了该教在全国的130多个据点，抓获40多名头目和教徒。警方发现有足够证据证明东京地铁沙林事件系奥姆真理教所为。
四
1995年东京地方法院剥夺了“奥姆真理教”的法人资格，但在东京高等法院的二审裁定中，表示“解散命令并不带有禁止或限制信徒宗教行为的法律效力”。由于核心人物村井已于4月24日被杀，涉及奥姆真理教的一系列案件尚有疑点，致使对麻原的公审未能早日进行。
1996年5月24日日本律师联合会通过决议，反对根据《破坏活动防止法》宣布“奥姆真理教”为非法。1996年7月日本公安审查委员会提出建议，依照《破坏活动防止法》，宣布“奥姆真理教”为非法组织。但1997年1月，司法部门又认为没有足够充分的证据证明奥姆真理教对社会构成直接或间接的威胁。这实际上默认了奥姆真理教继续存在合法性。
由于对邪教势力处理不力，奥姆真理教近来有死灰复燃之势。1998年12月25日，日本法务省公共调查厅向政府提交了一份关于“奥姆真理教”的报告，证据表明，奥姆真理教信徒企图利用新的手段和途径大力展开活动。新的核心成员是以麻原的三女儿为首的核心小组，他们公开进行传教活动，并且通过国际互联网联络旧信徒，接纳新成员。在奥姆真理教的加密网络上，每天大约有1000人上网浏览。奥姆真理教信徒还依靠雄厚的资金支持，在全国范围内购置产业，引起当地居民的反对。据1999年12月9日香港凤凰卫视报道，奥姆真理教位于东京的总部目前仍在运作，虽然居住在附近的居民不断张贴标语要求奥姆真理教人迁离，但奥姆真理教徒没有理会，他们继续在总部内进行宗教仪式，参拜麻原彰晃的画像。其法律顾问也对其活动进行辩护。
日本政府高度重视“奥姆真理教”的复活，近来也加大了对奥姆真理教的打击力度。1999年5月18日，长野县警方以奥姆真理教信徒伪造文书购买土地为名，突击搜查了该教多处场所。日本众议院6月1日通过了破坏活动防止法修正案等新规定，授权警方对有组织杀人、毒品、枪械及集团偷渡入境等项犯罪嫌疑人的电话、传真和网上通讯进行全面监视。东京地方法院宣判了东京地铁沙林事件的执行者奥姆真理教“科技省次官”横山真人死刑，林郁夫被判无期徒刑。麻原也以杀人和杀人未遂罪被起诉。面对这种局势，麻原残党宣布对外暂停使用“奥姆真理教”名称，以缓解舆论的压力。这是该教一种“弃名求存”的策略，实际仍在进行活动。
4年多过去了，除个别罪犯已被判死刑外，沙林毒气事件仍未结案。日本各地居民因此对邪恶的奥姆真理教深感不安，强烈呼吁当局彻底取缔这一邪教。
1999年9月底，日本警方突击搜查了奥姆真理教一名重要骨干的住所，发现一批内部文件。这些材料的内容包括沙林神经毒气的制造和中毒抢救方法。这表明该教仍然相信2000年之前会爆发毁灭性战争并导致世界末日的异端邪说。
9月29日，警方因怀疑奥姆真理教信徒郡广古弘在偏远的长野县禁锢一位叛教女信徒而搜查了他的住处，找到2份奥姆真理教内部文件，文件内容涉及毒气的发展史，以及沙林毒气和中毒后的救治方法。
与此同时，日本舆论界也加大了对教奥姆真理教的谴责。日本神学学者浅见定雄教授在《世界》月刊杂志12月号上发表文章，呼吁彻底解散奥姆真理教，并表示支持政府制定的对付邪教的法案。文章指出，奥姆真理教在得知政府将要制定禁止邪教的法案后，于今年9月底转入地下。浅见定雄教授强调，只要奥姆真理教的本质没有变化，不解散该教就将遗患无穷。奥姆真理教宣扬的“杀人合理”的教义、教祖和组织，至今都同制造东京地铁沙林毒气事件前一样继续存在。
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