灵界的覆灭使神冥芸生各界领袖异常震惊，纷乱已经不可避免，只有普通百姓还依然蒙在鼓里。一场波及六界的旷古大战一触即发，边境的妖魔无不摩拳擦掌地期待着。
这支魔军的统帅，正是在后世臭名昭著的恶神蚩尤。说是恶神，实为泱泱魔界之尊，与神族没有半点瓜葛。这蚩尤生来就是牛首龙身，背生双翼，铜头铁额，虎目蛟眉，兄弟八十一人，与烛龙鬼母皆有神似之处。他身具通天神力，心思诡谲至极，很有几分胆色与野心。伏羲继位的前一年，蚩尤就徒手斗败十万魔兵，斩老魔尊于麾下，成为魔界新的领袖。短短十几年之后，他便联合妖界发兵东指，入侵冥界与芸生界，大有重整天地之势。
魔军的另一股力量，则是由妖族劲旅组成。所谓妖族，实则来自兽类，吸食阴阳灵气后自成一体，号曰妖界。妖界之王覃塘与风狸也同样野心勃勃，妄想联合蚩尤东侵，以达成雄霸天地的企图。可惜覃塘与风狸两个的妖力加起来，也敌不过蚩尤十分之七，蚩尤联合他们，不过是想利用他们的力量而已。即使有朝一日魔军得到天地，蚩尤也不会将天地分予他们一分一毫。覃塘他们当然瞧不到这一层，只是一心想要扩张自己的势力。邪恶的人常常相互利用，最后胜利的，往往并不是最心思巧计的一方。恶人对恶人的算计，或许也谈不上什么阴谋。
近古元年，蚩尤率数千万妖魔入侵芸生界。东方上帝伏羲因德泽广布，受推举出任芸生大地的王。他联合神冥两界，建立浩然之军，积极应对蚩尤攻势。
可惜芸生界军力实在低微，却在数量上占据多数。神界冥界实力虽强，然而数量较少，三种力量实在难以均衡。这种情况直接导致初战的大败，联军损失惨重。
面对这一情形，天帝与冥君将两界剩余灵气悉数灌于芸生境内，使芸生大军实力激增。虽说只是剩余灵力，可是仍然强大得惊人，堪比神冥两界灵力的半数。这些灵力大多为人族吸收，这就是人族后世法力的来源。
联军实力整体增强，在接下来的战役中连连告捷。妖魔大军虽然强悍，却也难敌联军强劲的攻势。
魔军败退到博父山谷之时，妖族内部发生动乱，覃塘与风狸均为部下斩杀。新妖王率领妖族军队反戈一击，给予魔族重创。
兵败如山倒，魔军经历联军攻击，妖族反叛，此时已经像个垂暮的老人不堪一击。蚩尤自知寡不敌众，已经难逃覆灭的命运，无奈之下，只好率领残部退守到涿鹿之野，不料却遭到四界联军重重围困，成了翁中之鳖。
即使面对这种死局，蚩尤仍然不放弃灵魂深处邪恶的野心。
近古二十六年，蚩尤仿效混沌元灵，自毁灵体，倾尽周身灵力铸成混沌迷雾大阵，将联军人马悉数笼罩，魔族如鬼魅四侵，恣意击杀四界兵众，并且不断吞噬败者的灵力，变得越来越强大。迷雾大阵的范围不断扩大，早已超出了涿鹿之野，它吞没博父，蚀灭风原，大有倾淹天下之势。
伏羲连忙与天帝冥君商议对策，可是面对如此情境，他们竟然也无计可施。不过数日，联军与魔军的实力就产生了根本性扭转，如果再不采取有效措施，后果实在不堪设想。
在如此危急的关口，芸生之王伏羲毅然决定牺牲自己以破魔阵。他不顾部下的反对与哀求，举芸生之剑自刎于魔阵中心，用至尊元灵和天地灵物，铸成了上古第一神物伏羲神卦。神卦缓缓启动，此时又得到风神罔村的协助，眨眼之间淡退了重重迷雾。
可是，如果蚩尤那么容易被打败，也就惶论什么魔尊了。为了抵御伏羲神卦的灵力，蚩尤竟然一举吞噬了所有部下，以魔军全体的血肉祭阵！魔力磅礴而来，摧山覆海，伏羲神力一时招架不住，神卦碎裂开来，一半伏羲元灵逃散，幸亏轩辕黄帝出手缚住另一半残灵，神卦才没有化为尘埃。
近古二十七年，轩辕黄帝在危急之中继任芸生王位。
轩辕族本是华胥族旁支，灵力直接源自伏羲女娲，法力本就高深莫测，而今又吸收了神冥两界灵气，因而成为人间第一强族。
轩辕黄帝一上任，就立刻展现出了非凡的气度。他先是以女娲灵骨、妖王遗灵做媒，重新修复了伏羲神卦。随后他又集齐六界之中十二种至强的灵物，铸成了十二件力量巨大的伏魔神兵。最后，黄帝与其妹——轩辕王姬、光热女神轩辕妭联手，重新开启了伏羲神卦。
这一次不同以往，双方一交手，蚩尤就完全居于劣势。原来那女娲灵骨，妖王遗灵，六界灵物，莫不是天地间至神至圣之物，当它们一齐发挥效力，就是盘古大神也未必招架得住，更何况对手只是一个区区魔尊？
伏羲神卦运作了七七四十九个昼夜，终于将混沌迷雾大阵破除！
蚩尤的灵力这时候已经耗尽了，奈何他竟然是不死不灭之身，即使灵体毁灭，元灵也无法除尽。
面对这一情况，轩辕黄帝又花费七七四十九日，作出九重乾坤法阵，将蚩尤元灵一分为五，有效削弱蚩尤的实力。
五个残灵登时化为五只巨兽，四散逃去，这便是我们熟知的上古五大凶兽。黄帝命令手下悉数出动，将五凶兽一一封印，一代魔尊蚩尤这才受到了完全的制约。
直至此时，六界混战的局面才真正结束了，天地重新归于统一。这场旷世之战，整整持续了二十有八个年头。<
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