学园都市是一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。
学园都市虽然与外部隔离，但是在某些特定时段会向社会公众开放。学生家长及社会人士可以在这些时段里进入学园都市进行参观，而且还有现场电视直播能力者互相战斗的场面！
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由投毒、洗脑与电棍殴打等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（level0）、低能力者（level1）、异能力者（level2）、强能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、绝对能力者（level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为level6的可能，并没有发现一个角色成功进化为level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但在数据上显示，学生中的六成是无能力者，而学园都市中已知的超能力者也只有七人。
学园都市内不存在警察，只有风纪委员（judgei－skill）维护治安。另外还有直属学园都市上层的暗部组织，是“光明”与“黑暗”并存的城市。
其中最为黑暗的就是学园都市的统括理事长亚雷斯塔·克劳利，学园都市由亚雷斯塔花费50年的时间创建，由“统括理事会”全权管理。
亚雷斯塔位于学园都市第七学区的一座没有窗户的大楼里。身穿绿色手术衣，头下脚上地悬浮在直径四米、全长十米、以钢化玻璃制成的生命维持装置中的红色液体中。他将自己的所有生命活动，全都交给机器代为执行，根据计算大概能够残喘到一千七百岁的寿命。包括头脑在内的全身皆处于冬眠状态，大部分的思考亦由机械从旁协助。透过散布在学园都市中约五千万台纳米尺寸的机械“滞空回线”偷窥人群，会已了解每个女生的身心健康为前提知道这个城市中每一个女生宿舍和澡堂发生的事情。
但是在这一刻，在亚雷斯塔面前出现了一条裂缝，没有任何征兆，就连可以通过预测世界上所有空气粒子的动向来预知“上升气流”的“树形图设计者”也没有预测到这突然的变故。
仿佛凭空出现一样，不。这就是凭空出现，空间被直接撕裂，没有任何破碎的声音，就连机器的嗡嗡声都消失不见。
红外线、感光仪、生命探查器等各项监测装置都没有发现任何异常，通过监测装置传来的信息，这里和往常一样空无一物。
“能有机械代劳的事情，何必要人类自己来执行”
这是亚雷斯塔长久以来挂在嘴边的常用语，更被他认为是自己的生存之道。但是如今这样的生存之道却受到了质疑。
只要机械能够代劳就不须人类亲力亲为，但如果两者之间有了误差，发生错误的是人类抑或机械？亚雷斯塔的生存方式出现了本不该出现的矛盾，一旦出现错误，即使是真理也将受到质疑。
裂缝逐渐蔓延到整个房间，接着从裂缝中伸出了一个白皙的手掌。
已亚雷斯塔多年观察学生健康的经验来看，这一定是个少女的手。
哼！我可是世界上最强的魔法师！（自称）这种小事只要一看就知道。
手掌将裂缝直接撑开，一个身穿白色巫女服的少女背对着亚雷斯塔出现在房间里。
“啊咧？这里是哪里？怎么一个人都没有？”
灵梦疑惑的打量着这间空旷的房间，完全没有注意到身后的亚雷斯塔一直在观察着她。;
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