贞观六年，太宗改西伊州为伊州，明确了大唐向西推进的意图。大唐在伊州的立足，令麴文泰感到了莫大的威胁，于是，高昌就与西突厥联合起来，在西路上截掠与大唐通好的各国使臣和经商的商队；又合兵东攻伊吾，企图封堵这个大唐进入西域的门户；再西取大唐属国阿耆尼的五座城池，掠男女一千五百多人，焚城烧而去。为此，唐太宗于贞观十三年十二月，派吏部尚书侯君集为交河道行军大总管，率兵进攻高昌。
当大唐军队到达碛口时，西突厥欲谷设可汗屯兵在可汗浮图城（今新疆吉木萨尔），以为高昌援军。侯君集令部将姜行本由伊吾北上天山；薛万备率另一支唐军经赤谷，越天山夹击可汗浮图城。唐军一到，欲谷设便献浮图城投降了，高昌援兵顿失，麴文泰惊惧惶恐，发病而死。麹文泰死后，其子麹智盛继任为高昌王。贞观十四年八月，唐军击破田地城（今新疆鄯善县西南鲁克沁），麹智盛被迫投降，献出高昌国三州五县二十二城。唐太宗以高昌国的原辖地设为西州，设置安西都护府，任命郭孝恪为安西都护、西州刺史。
而就在玄奘进入于阗城的前一天，于阗王得到最新的战报是，大唐西州剌史郭孝恪统率的数万唐军已然攻下了阿耆尼。
玄奘证实麹文泰已死的消息后不胜唏嘘，为不能再见这个义兄而感到十分惋惜。
于阗王殷勤侍奉玄奘大师，并告诉奘师，有不少高昌国人，因逃避战乱辗转来到于阗，他极力挽留奘师在于阗讲学。于是玄奘修《陈还国表》一书，派遣高昌人马玄智随于阗入朝纳贡的使团到长安，向朝廷上奏取经回国的消息，然后留在于阗讲学，等候朝廷的回复。
玄奘在于阗开讲《瑜伽师地论》、《对fǎ_lùn》、《俱舍论》、《摄大乘论》等四部经论，每日都有千多人听受皈依。
八个月后，长安的使官带来唐太宗李世民的手谕：
闻师言访道殊域，今得归还，欢喜无量，可即速来与朕相见。其国僧解梵语及经义者，亦任将来，朕已敕于阗等道使诸国送师，人力鞍乘应不少乏，令敦煌官司于流沙迎接，鄯善于沮沫迎接。
于阗王接到天可汗的敕令后，不敢怠慢，立即为经队配置驼马，派兵护送玄奘大师回国。
玄奘辞别尉迟居密，带领经队从于阗都城出发回国，经队向东南行五六里经过一座麻射伽蓝。此伽蓝是为了记念一位汉公主将中原的蚕、桑和丝织技术带到于阗而建立的。
据传，几百年前，于阗国本来没有蚕和桑，更没有丝织的技术。当时，于阗王眼看中原的丝绸远销到波斯、罗马等地区，他便多次派人到中原求取桑蚕，结果当然是遭到拒绝了。于是于阗王便下聘礼，派遣使臣到中原求婚。汉地的君主也想保障丝路的畅通，就答应了这门亲事，将公主许配给他。于阗使臣迎接公主时，向公主转达了于阗王的密意：“我国素无桑蚕之种，要设法带来，今后好自为裳服。”
出关时，守关官兵严密检查各种商品、行李，防止技术外涉。聪明的公主把秘密搜集到的蚕茧和桑树的种子，藏在头发内并戴上帽子，守关的官兵不敢检查公主。于是，公主便把桑蚕之种带入了于阗。公主到了于阗后，精心种植桑树，培养幼蚕，并将养蚕的法规刻在石上，严令对桑、蚕不得伤杀，要待蚕蛾飞出后才能煮茧缫丝，如有违犯者，不仅明神不佑，还要以王法严惩！后人为记念公主，就在种桑之地旁边建寺供奉。
经队经过麻射伽蓝后，向东渡过一条西向北流的大河，在距城东三百多里的大荒漠中，是一片古战场，于阗的勇士曾在这里为保卫国土和敌人浴血奋战。领队的向导告诉玄奘大师：很久以前，东方的吐谷浑国和柔然国，曾多次攻击于阗。一次，东国百万大军西伐于阗，当时的于阗王率领几十万兵马抵御强敌，两军在此地决战。由于寡不敌众，于阗军失利，国王被虏，数十万将士尽遭诛戮，以至血流成河，十里黄沙也染地成了赤黑之色。
经队从古战场东行三十多里，进入媲摩城。
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