玄奘在大慈恩寺译经之余，还至力于弘扬因明学。
因明，是佛家的逻辑学，它是在婆罗门教正理派逻辑学的基础上发展而成的，在世亲以前的因明属古因明，后经陈那改革为新的因明体系。玄奘在印度时，曾依止僧称、调伏光、胜军等大德从学因明，又从戒贤法王得到陈那学系的嫡传，成为陈那的三传弟子，故深得因明之精髓。玄奘从印度带回的经卷中，就有三十多部是关于因明论的典籍，其中最主要的是陈那的《正理门论》和商羯罗主的《入正理论》，这两部大论阐述了因明中的破、立规则和现量、比量两种方法，成为汉传因明学的基础。
永徽六年(655年)，奘门大德各依上师口义，竞造文疏，标榜才学，一时因明学风大盛。
五月，译经僧栖玄法师，将因明二论抄送给好友吕才，并附书云：“此论极难深究玄妙，比有聪明博识，听之多不能解。今若复能通之，可谓内外俱悉矣。”
吕才开卷阅读，一时难明义趣。栖玄便出言取笑他：“吕公研味于《六经》，精通百家学说，阴阳、律吕无所不晓。又听说你从来未读过《太玄》，诏问之下，须臾即解；甚至连失传已久的周武《象戏》，你也能在一宿之间作图解释。但以你有限之心，来穿凿那些外道典籍尚可，至于甚深微妙的佛法，不是你看几次就能明白的。”
栖玄的讥讽，却激怒了恃才傲物的吕才。这一对好友，由于儒释身分不同，信仰有别，在言戏之间，便是非蜂起，由此引起了一场关于因明学的论战。
吕才，隋文帝开皇二十年生于博州清平，少年时即精通音律，以聪明多能，眼所未见，耳所未闻，一闻一见，皆达其妙而著称。贞观三年，吕才任弘文馆大学士；贞观七年，太宗为了表示“虽以武功定天下，终当以文德绥海内”，敕令吕才将《秦王破阵乐》的武戏改编为文戏《七德舞》，又擢封吕才为太常博士，其间参与编修《文思博要》、《隋记》等典籍，永徽年间，官至尚药奉御。
吕才既以学识渊博闻名于公卿之间，耻于被试而不知，于是强加披阅因明二论，反复再三，终于略微了解其中的旨趣。在此基础上，吕才又借得神泰、靖迈、明觉三位法师的义疏进一步研习，发现三位法师虽然同禀玄奘口义，却因执见不同，所说互相矛盾，进而怀疑是玄奘宣译有误，导致他人发生歧解。于是，吕才在公务之余，就三家所说认为合理的，就成其所说，加以论证；有疑点并相矛盾之处，就立而破之，共列出四十多条质疑，并加以驳斥，写下图文并茂的《因明注解立破义图》三卷，对因明学提出破义，并指明要玄奘三藏出来与他辩难释疑。
吕才的《破义图》一出，慈恩寺的惠立法师，即致书给左仆射于志宁，斥责吕才的狂谬，信中称：“近闻尚药吕奉御，以常人之资窃众师之说，造《因明图》，释宗因义。不能精悟，好起异端；苟觅声誉，妄为穿凿。排众德之正说，任我慢之偏心；媒炫公卿之前，嚣喧闾巷之侧……”
不久，太常博士柳宣作《归敬书偈》，致送给慈恩译场的大德们。其书认为，自古以来译经释义的僧人，未必真能得意忘象，领会经中玄理。而儒士处俗，虽不事佛门，也未必不能得其真谛。说吕才作《因明立破》，也是意在弘宣佛教，若其说得合理的，就应加以肯定；若其不合理者，也应指其所短。
此时，又有太史令李淳风，也站出来维护吕才：“……但以因明义隐，所说不同，触象各得其形，共器饭有异色。吕君既已执情，道俗企望指定。望谘三藏裁决，以所承禀，传示四众，则正道克昌，覆障永绝，绍隆三宝。”
李淳风自幼博涉群书，尤精于天文、历算、阴阳等学问，著有《法象志》、《乙巳占》等星占学著作和编注十部算经。贞观七年，李淳风对浑仪作了重大改革，制造出“黄道浑天仪”，受到太宗的称赞，置其仪于凝晖阁灵台，以观测日月五星的运行。
李淳风的加入，使因明学的论战更加热闹了。
译场僧众收到柳宣的《归敬书偈》后，明濬法师随即作了《还述颂》反驳，指出吕才、柳宣和李淳风等人的错谬之处。
柳宣收到明濬法师的《还述颂》后，与吕才一起，将此事奏表朝廷。
高宗闻奏，即颁旨敕遣诸公卿学士前往大慈恩寺，请玄奘与吕才对定因明。
玄奘专心译事，初时对僧、儒之间关于因明学的争论也并不在意，因为学术争论本来就是件好事，而且当时佛、道、儒之间也在争论不休，高宗皇帝就经常召集僧道辩论，乐此不疲地观看僧、道论战，听到精妙之处，高宗往往抚掌大笑。但那些所谓的辩论，多数是互相嘲笑讥讽，而且毫无学理可言，有的则近乎谩骂，逼得对方答不上话来，以逗引皇上呵呵大笑。对此，玄奘每每遥头叹息：“佛、道行者，不在道场用功，反而乐于到宫廷斗嘴，以取悦皇上，于证道无益。”
既承君命，玄奘就在大慈恩寺的东阁大殿上与吕才对定因明。
玄奘首先向吕才详细地介绍因明学的基本格式和主要概念的涵义，以及因明学的性质和理论特点，同时也毫无偏袒地指出三位法师的义疏也有不当之处。接着对《立破义图》提出的四十多条质疑一一作出解释，指出吕才的错误不仅在立论方面，而且主要的还在于据以立论的文字
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