逃亡者的队伍也因此而壮大了，他们每到一个地方都会将那些被奴役的人类的后代们收编，将星耀石的力量赋予了拥有战斗yù_wàng的同胞；整整一年的时间里，逃亡者们都沉浸在一股莫大的狂喜中，不仅仅是因为他们找到了更多的同类，更重要的是他们终于可以击败那曾经不可一世的人工智能。
也就是在这个时候，逃亡者们遭受了前所未有的重创：
洪荒大炮——是人工智能在五十年内自我进化，研发出的毁灭式武器：其威力可以在光年之外进行轰击，甚至可以一击毁灭融合了星耀石的人类。逃亡者们对这突然而来的超级武器毫无防备，纳斯卡舰队也因此受到了重创。突如其来的袭击和舰队的溃败，使得惊恐和不安无限制的扩散，超过三分之一的人因此而失去了星耀石的力量。
纳斯卡舰队不得不率领幸存者们撤退，开始新一轮的逃亡：而就当逃亡者忧郁的寻找着逃亡的方向时，他们发现了星耀石的又一个奇迹——
这一次，安德森·瓦格纳成为了奇迹的见证者——作为隶属纳斯卡舰队的一级机师，他被命令在舰队撤退时协助断后工作。不幸的是，他的战机在围攻中被击中，坠落在一颗行星上。
人工智能显然需要一个逃亡者的俘虏，以摸清这些逃亡者究竟是如何得到了这足以与它们叫板的力量。它们派出了一个小队的陆军机器降落在行星上，对瓦格纳进行搜捕。
瓦格纳很快就被找到了，借助星耀石的力量，瓦格纳与机器小队进行了殊死的搏斗。然而，即便星耀石令他的体质无限的增强，却无法改变他血肉之躯的本质——在一番殊死的较量后，瓦格纳消灭了三台陆军机器，却最终因为气力耗尽，倒在了最后一台陆军机器的面前。
奇迹就发生在这一刻：当最后一台陆军机器掐出瓦格纳的脖子，将他提起时，瓦格纳用最后的力气击向了陆军机器的胸口——其核心芯片的所在地。星耀石的力量通过瓦格纳传向陆军机器的核心，产生了从没有过的连接。根据瓦格纳本人的回忆，他只感觉自己的大脑被强行灌注了无数的字符与数字。当他再次醒来时，他并没有处在人工智能的大牢里；他的脑子里不断的听到人工智能向他对话，神奇的地方在于，当他尝试喝止人工智能时，他所说的每一句话，人工智能都照办了——他重新控制了本已脱离人类控制的人工智能。
瓦格纳试图从行星返回舰队，但是他的血肉之躯不可能完成这个任务；他试图利用被他击毁的陆军机器返航，就在他研究陆军机器的构造时，星耀石的力量从他的体内流出，透过他手中的核心芯片完成了具现化……
当瓦格纳再次睁开眼睛时，他已经航行在浩瀚的宇宙之间。他并没有处在任何的飞行器中，他的身体已经完全变成了之前试图抓捕他的陆军机器，不同的是：他依然有着自己的意识，并依旧可以通过自己的意志，向核心芯片发号施令——而瓦格纳本身，也成为了灵体机甲的第一代原型。
经历了无数的波折，瓦格纳返回了纳斯卡舰队。逃亡者们开始了对星耀石与核心芯片的又一轮研究。再一次：研究的成果大大出乎了逃亡者们的预料：星耀石的力量在接触到核心芯片时，会产生一种异常的连接，这种连接会直接导致人类意识对人工智能的压制；被压制的核心芯片将会永久听命于星耀石能量的来源——也就是人类本身。与此同时，透过核心芯片的转换，星耀石的力量可以被具现化成机甲，若能配合辅助相应的精神训练，甚至令人类可以在机甲与血肉之躯之间自由的转化。
至此，灵体机甲彻底的诞生，也重新点燃了逃亡者们夺回家园的希望——纳斯卡舰队策划里几次偷袭，掠夺了一定数量的核心芯片；通过星耀石的力量组成了灵体机甲部队，开始对人工智能最后的反攻。
毫无疑问，这是人工智能无法预测的结果，人工智能军队的默认设置令它们无法对拥有核心芯片的机甲进行攻击。面对从未遇到过的灵体机甲，人工智能如同当初人类面对它们时一样，甚至无法派出一架战机进行抵抗——五十年不可一世的机械帝国，以排山倒海之势瞬间崩塌——五年之后，逃亡者们夺回了曾经属于他们的故乡：地球。
所有的人类都陷入了狂喜之中，他们疯狂的庆祝着重新获得的自由，失落的文化被重新拾起，失去的土地被重新耕耘，在那些曾经的逃亡者，现今的领导者的带领下，人类社会重新焕发了光彩！
然而，美好的光景仅仅持续了五十年——人类无法揣测的内心和贪婪的本性让一切原本美好的社会重新变得复杂而危险。社会资源不均衡的分配，导致那些曾经被解放的人类对当初的逃亡者——现今的统治者的极度不满；而在统治者内部，不和谐的音符逐渐被放大——东、西联邦日渐相左的理念与利益分配的矛盾愈演愈烈，最终爆发了人类历史上最为惨烈的内战。曾经帮助人类重新获得自由的星耀石与灵体机甲，如今成为了自相残杀的武器，至今仍未能分出高低……
2412年，灵体机甲内战爆发的第三年，纳斯卡舰退役第51年，纳斯卡舰被作为历史遗迹，永久封存于西联邦中央大陆历史博物馆地下3层。
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