正史中没有记载，几种明人笔记上提到是刘大夏销毁了这批档案，但似乎还是证据不足，“事出有因，查无实据”，还不能定案。
比较流行的说法有这么几种。
首先是顾起元的《客座赘语》卷一说，刘大夏“取而焚之，意所载必多恢诡谲怪”，烧毁的动机难以服人。陆树声《长水日抄》却是另一种说法，说刘大夏“已先检得，匿其籍”。但注意，这里只说是“匿”，未说是“毁”。再晚些时候，焦竑在《玉堂丛语》卷五中说：“刘先检得之，匿他处。”也是只说是藏匿，没有说是销毁。
文献中有这么一段记载：“库中案卷，安得失去？”刘大夏微笑说：“三保下西洋时，所费钱粮数十万，军民死者亦以万计，纵得珍宝，于国何益？此大臣所当切谏。旧案虽在，亦当毁之，以拔其根，尚足追究有无邪？”如果这个记载是可信的，只能说明刘大夏知道这批档案的去处，不能肯定是他销毁的。
可话又说回来了，如果说郑和远航的档案被销毁，毕竟找到了一个嫌疑人刘大夏，但郑和的那支庞大的“特混舰队”的下落呢？是谁藏匿起来了，还是被谁销毁了？是焚烧，凿沉还是拆解？那么多的庞然大物，藏匿或销毁都比档案资料更难掩人耳目。
另外一个不解之谜是，郑和下“西洋”最大的船有多大？
如果根据文献记载并折算成今天的公制，最大的船长约１５o米，宽约６１米，排水量约在２万吨以上，相当于一艘航空母舰。宝船的主桅杆高达７２米，相当于２４层楼房那么高（按每层高３米计算）。这些数字实在令人难以置信，木材能否制造成这么大的帆船？木质帆船能否承受洋面上的狂风巨浪？仅以风帆为动力能否推进这样的庞然大物？这需要多大的风帆？９桅１２帆需要多少人来操作？这样大的船如何入港靠岸？有的学者则用他们的船舶专业知识结合历史文献肯定地说，９桅万吨级木质帆船，不仅在明代，即使在当今高科技的时代都是建造不出来的。以当时中国的科技水平和综合国力造不出来，要完成下西洋的各项任务也不需要这么大的船舶，古今中外也没有过那么大的木帆船。另一部分学者则用船舶专业知识结合历史文献记载和水下考古资料肯定地说，考古出土船舶文物、大量的文献资料以及木帆船建造工艺的调查研究可以证明，肯定可以造出４４丈长、１８丈宽的郑和宝船，并预言水下考古还会进一步给以直接的确证。
还有一个谜题是，郑和最远究竟到哪里也说不清楚，有人说郑和是环游世界第一人，最早发现了美洲大陆，比哥伦比早了将近一个世纪；还有唐人街是郑和下西洋时形成的，另外，郑和所下的西洋，究竟是哪里？
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