亚里士多德建立起了以实体(本体)为核心的第一哲学(形而上学)，他的灵魂观与他的本体(，实体)、生命、质料与形式、潜能与现实等学说相关，他正是在这些关系之中来界定灵魂的；反之，他也用灵魂说来支撑、论证、解释他的第一哲学。亚里士多德批评柏拉图的理念论，也反对像柏拉图那样把灵魂看作与躯体相分离而独立存在的实体。他主张，“灵魂和躯体不能分离”，灵魂依存于躯体，寓于躯体之中。每一灵魂都有自己特有的躯体，任何躯体都有自身独特的形状或形式。与此相连，他也反对灵魂转世、灵魂轮回说。
亚氏强调灵魂不能独立于躯体，但又认为灵魂是本体。他解释说，本体有三种意义：作为质料，作为形式，作为质料与形式的结合。质料是潜能，形式是现实。自然物体有的有生命，有的没有生命；有无生命的区别就在于有无灵魂。有生命的自然躯体必定是本体，这种本体是形式与质料的结合体，躯体本身是质料，它的形式就是灵魂，灵魂本身也是本体。是“作为潜在地有生命的自然躯体的形式”这一意义上的本体，这种本体也就是现实性，“灵魂就是潜在地具有生命的自然躯体的头等现实性”。灵魂是有生命的躯体是其所是的本质。它是原理意义上、定义意义上的本体。躯体不是灵魂的现实，相反。灵魂是有生命的躯体的现实。如果说眼睛是生命体，那么视觉就是眼睛的灵魂，也就是眼睛在定义意义上的本体，是眼睛之为眼睛的本质，如果视觉没有了，眼睛就不成其为眼睛了。
亚氏虽然主张灵魂依存于躯体，却又把灵魂提到原因、本体、本质、形式、现实的高度。灵魂显然优于高于躯体。他指出：“灵魂在最首要的意义上乃是我们赖以生存、感觉和思维的东西，所以，灵魂是定义或形式，而非质料或基质』话黄小兰全文阅?a/"target="_blank"/?br/
“灵魂是有生命躯体的原因和本原”。具体而言，灵魂是在三种意义上作为生命躯体的原因和本原：躯体运动的来源，躯体的目的，整个生命躯体的本质(本体)。首先，事物的本体(本质)就是事物存在的根据。对生命体而言，灵魂正是他们的存在和他们的生命的原因或本原。其次，灵魂也是目的意义上的原因，因为自然活动像理智一样，总是为着某一目的。灵魂合乎自然地为生物提供了这样的目的，所有自然躯体都是灵魂的工具(器官)，动物躯体和植物躯体一样，都是为其灵魂而存在。再次，灵魂也是位移运动的原因，状态变化和数量变化也由于灵魂所致，因为感觉就属于状态变化，而没有灵魂就不可能有感觉；生灭也是，没有营养就不可能有生灭，而没有灵魂就无所谓营养。亚氏虽然没有像柏拉图那样把灵魂看作脱离躯体而独立存在的本体，但灵魂作为生命躯体的形式意义或定义意义上的本体，也就是使生命体成其为某个生命体的原因、本原、本质，仍然给予灵魂以高于躯体的地位和作用。据此，我们也就不难理解为什么他在本体论上强调形式高于优于质料的。
关于感觉和思维的本性、地位、作用等既是与本体论密切相关的认识论的重大问题，同时也是灵魂说的重要内容。柏拉图和亚里士多德在感觉问题上存在着重大分歧。柏拉图将感觉归之于身体，排除在灵魂之外；亚里士多德则将感觉既归于身体也归之于灵魂，但与灵魂的思维(理性)部分区分开来。柏拉图轻视贬低感觉，但还是承认感觉在求知过程中的一定的地位和作用的，可以说是一个启发、一种诱因，是引起、促进“回忆”的刺激因素。但是，感觉到的具体事物与通过回忆达到的事物“本身”(理念)是两个根本不同的东西。前者是相对的、变化的，后者是绝对的、永恒不变的。这就是说，感觉和知识毕竟是两回事。柏拉图把思想、知识、智慧、真理归之于灵魂，把感觉与身体联系在一起，在主张净化灵魂时，强调要摆脱感觉与身体的干扰。他指出，事物的许多属性尤其是共性、一般，如同与异、相似与不相似、荣耀与耻辱、善与恶、存在和有用等等，都不能被感知，只能凭借心灵通过反思和比较才能达到的。因此，知觉不能认识真理和实在，它们不是知识。
但是，柏拉图又把心灵比作“蜡板”和“鸟笼”。蜡板说是将我们的心灵比喻为一块蜡板，看到、听到、感觉到、意识到的东西印在蜡上，留下印记，就好像用印章戒指盖印。柏拉图用蜡板的比喻将记忆引进认知过程，分析了包括记忆在内的各种认知和感觉的情况，试图解释错误的判断既可来自知识和感觉的配合错误，也可来自知识
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