朝廷急忙命令直隶提督成明率领精锐部队驰援陕西。
成明率领的5000多士兵和河南的民兵在洛水南岸被起义军打败了。
朝廷又命令钦差大臣胜保率军入陕。
胜保集合4万余士兵和民兵，在苏家沟与起义军展开了大战。清军兵马自相践踏，死伤无数。
与此同时，马启示乘胜保的军队在西安集中、东部兵力空虚之机，率领起义军在同州一带发动攻势，生擒了署潼关协副将哈连升，夺取了清军的营地和军械，进逼澄城、合阳、朝邑(今天大荔县东部)等地。
西府的凤翔、岐山、宝鸡三县过去有“回回36坊”之称。这里的回回人积极响应东府的回回起义，围困凤翔城长达16个月之久。
回回起义军自东向西席卷了整个关中平原，声势浩大，人数很快发展到了30多万人。
朝廷以连战皆败的罪名将胜保革职，改授常胜将军、达斡尔人多隆阿为钦差大臣，督办陕西的军务。
多隆阿到达以后，陕西的清军才开始转败为胜。
1863年2月，多隆阿会同胜保等部共2万余人，对起义军的重要据点发动了进攻。
起义军以游击战法不断袭击敌人，派出骑兵截击清军的粮饷运输线。
多隆阿一边筹措粮饷，一边派人到王阁村招抚，成功地实行了离间计，造成了起义军内部的矛盾激化，投降派和抵抗派开始相互攻杀。
多隆阿乘机突袭起义军，一举攻占了重要据点王阁村和羌白镇，下令把两个村的回回人无论男女老幼一概格杀。
5月19日，多隆阿攻占了另一个主要据点仓头镇。
同州地区的回回起义军被迫向西部转移，集中在泾阳、高陵和咸阳一带，与西安地区的起义军并肩战斗。
这时，太平军扶王陈得才从湖北再度入陕。云南回回人蓝朝柱率领的起义军余部也在洋县一带活动。
清军顾此失彼。
马启示率领起义军乘机加紧围攻西安。
甘肃提督马德昭和陕西提督孔广顺率领7000多官兵困守在西安，不敢出城迎战。
多隆阿到达西安，再次实施招抚的伎俩，诱使部分起义军投降,打破了起义军对西安的封锁。
10月初，多隆阿向起义军发起了总攻，很快攻占了高陵县城。随后，他分别派遣陕西提督雷正绾和总兵曹克忠一起共守咸阳，截断起义军的西退之路。他亲自率领主力清军，分两路进攻起义军在西安地区的主要基地苏家沟（今天咸阳市礼泉县）。
多隆阿利用清军的马队把起义军分割开来，各自击败，占领了苏家沟和渭城湾（今天的咸阳市渭城区）两地，然后屠杀了将近两万人的起义军。
起义军领导人马启示、白彦虎和马生彦等率领余部退到邠州(今天的彬县)、凤翔一带。
不久，清军又攻占了凤翔、邠州。
起义军被迫再次撤退，来到了甘肃东部的董志塬。
董志塬包括今天甘肃省的庆阳县、宁县和合水县的一部分，南北长87千米，东西宽36千米，面积2260平方千米，是甘肃东部面积最大而且比较平坦完整的黄土塬，海拔1200米——1450米，有13条较大的河沟呈辐辏状向塬心伸入，将塬面切割成了很多沟壑深达150米——200米的碎块。
从此，陕甘回回起义的中心从陕西转到了甘肃。
陕西的回回起义陷入了低潮。
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