黄生看到牡丹花芽，一天比一天长得茁壮茂盛，到春天结束的时候，已经长到二尺多高了。黄生回家的时候，留下一些钱给道士，请他代为培养。到了第二年四月，黄生又回到下清宫，只见已经长出一朵牡丹花蕾，含苞未放；黄生正在牡丹花前流连的时候，那花蕾摇晃着像要绽开；一会儿，牡丹花开放了，花朵如同盘子那么大，好像有个小美人坐在花蕊上，只有三四指高；转眼间小美人就飘然而下，黄生一看，正是香玉。香玉笑着对黄生说：“我强忍着风吹雨打等待你，你怎么姗姗来迟呢！”于是一起走进屋里。这时，绛雪也来了，她笑着说：“我天天代替他人做妻子，今天总算有幸退身成为朋友了。”于是三个人高高兴兴地在一起喝酒谈笑。到了半夜，绛雪便走了。黄生和香玉于是上床睡觉，和以前一样欢爱融洽。后来，黄生的妻子去世了，黄生就索性搬到崂山，不再回家了。这时，牡丹已经长得像手臂那么粗。黄生常常指着牡丹说：“我死了以后就把魂留在这里，一定长在你的旁边。”香玉和绛雪微笑着说：“你不要忘记这句话。”
十多年以后，黄生忽然病了。他的儿子闻讯赶来，对着黄生，十分悲伤。黄生笑着对儿子说：“这是我生的日子，不是死的日子到了，你悲伤什么呢！”又对道士说：“日后在牡丹花下有一株红色的幼芽茁壮地生长，它一次就长出五片叶子的，那就是我。”于是黄生不再说话。他儿子用车子把他运回去，刚到家里，黄生就死了。
第二年，在牡丹花下果然长出了一个粗壮的红芽，叶子正好是黄生所说的五片。道士觉得很奇异，就更加精心地浇灌它。三年后，它就长到好几尺高，树干有两只手合拢那么粗，只是不开花。老道士死了以后，他的徒弟不知道爱惜它，将它砍去。接着，白牡丹也枯萎而死；不久，耐冬树也死了。
异史氏说：“感情最真挚的人，鬼神也可以相通。香玉成了花鬼也跟从黄生；而黄生的精魂也寄于香玉身边，这不是他们的爱情太深了吗？一花被人砍去，两花枯死殉情，即使不是坚守贞操，也是为爱情而死的。一个人不能保持贞洁，也是她的爱情不够深的缘故。孔子读《唐棣》时说：‘还是没有想念他呀。要是真的想念，有什么遥远的呢？’这话确实不错！”
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