时间到了正德年间以后，随着大明国力的强盛，西域已经全部回归大明版图，出于全盘的考虑，陕西，甘肃和宁夏一部分汉民迁涉到了西域土地肥沃的地方。加上退耕还林的政策，陕甘地区的人口逐渐变得稀少起来。除了少数一些大城市，很多地方是百里无人烟，从某种意义上讲，应该是已经彻底的缓解了土地和资源的矛盾。那些极端的宗教势力也潜伏了下来。
时间进入洪宪年以后，随着西部的大开发，陆上的丝绸之路重新得以开通，大明的宁夏，甘肃和陕西等地以及西域中亚地区跟中东的阿拉伯世界联系日益紧密，贸易额逐年上升。虽然这种开放繁荣了经济，同样也引进来不少的苍蝇。
正因为如此，一些不甘心失败的甘肃回教神职人员在阿拉伯半岛的麦加朝觐期间接受并学习了新的***教理论，引入***神秘主义教派苏菲派，回国后便暗中积极传播，在中国西北回民中创立了虎夫耶和哲合忍耶教派，称为“新教”教派，得到回教徒的热烈欢迎与支持，这是陕甘回乱宗教屠杀的精神武器。
16世纪末，在甘肃河州一带回民中出现了一种****的门宦制度。门宦制度上有教主、道堂，下有清真寺，形成一个严密的组织，它是维系整个回民的宗教组织系统。门宦制度最大特征就是回族真主教组织化和作为新的政治力量的兴起，它改变了当地政治格局和民族关系。其主要表现是，教主一呼百应，教徒唯命是从。正是因为上述种种原因，导致了回教的门宦制度组织化、政治化，这和大规模的回民叛乱有密切关系。
”天启回乱”是1618至1619年天启年间，发生在陕西、甘肃两省的回民暴动和叛乱。数万回回自动组成了真主教军，打着独立的旗号，他们通过夺取当地的武器库，大张旗鼓地向汉族聚居地发起了进攻，可怜大多数汉族人还根本浑然不知，就遭到了灭顶之灾。
天启四年五月十三，回教叛军袭击了汉族村庄八女井，当即杀死汉人数千，血流成河。叛乱发生后，回民在真主教宗教领袖的带领下，勾结国外的势力和白莲教叛徒，大明历史上最大的一次宗教叛乱，也是天启皇帝朱由校继位以后，最为严峻的一次考验。
这次西北回乱始于天启四年五月，规模之大，遍及陕西、甘肃(包括宁夏和青海东部)以及西域各地。各地回民暴乱四起，其主因刺激很大程度上是想侵吞汉民地产，把物产丰富的田苑据为回族所有。在这三地，绝大多数回民壮年男子都参加了屠杀汉人的行动。一时间，回民暴乱和屠杀四起，在西北呈席卷之势，一时间天下震动。
接到各地告急后，朝廷很快就做出了反应，天启四年七月，朝廷调戚继光为陕甘总督、钦差大臣，督办陕甘军务。经过一番准备，戚继光于八月年底率十万大军，分三路进兵甘肃。戚继光采取正确的军事战略和“以回制回”的方略，局势迅速得到扭转。
……
八九雁来的好日子，内阁值房外的夜空又布满了星辰，值房内灯火通明，自从西北爆发回乱以后，所有的阁员还有六部九卿的堂官又都聚集了。
而此时此刻，在乾清宫御书房，军机处所有的大臣都集中在这里开会。朱由校居中而作，御案前右侧堆满了各种奏折，左侧堆着上百份各地发来的一些战报。天启皇帝朱由校脸色铁青的望了一眼所有的军机大臣：
“这些天戚将军连战连捷，已经消灭了叛军的主力。是啊，现在进入剿匪阶段。朕知道，平定此次叛乱难度并不大。可是朕非常的失望。到目前为止，你们在座的各位都是朝廷的肱骨大臣，还没在这次叛乱中吸取教训！大明帝国承平近百年，你们有没有想过，为什么到了我天启年间西域会频频发生这样的事情？这么长的时间过去了，朕还没有得到一个有说服力的报告以及朝廷今后对西部地区的政策规划。你们内阁和军机处是干什么吃的？”
包括内阁总理孙承宗在内，所有的文武大臣拜伏在地请罪：“臣等有罪！有负圣恩。请皇上降罪。”扫了一眼地下，天启皇帝注意到只有赵贞吉虽然拜服在地，却没有开口应和。心中有气，哼了一声问：“赵尚书，你可是有话要说。”
“回皇上的话，老臣的确有话要讲。“赵贞吉说道，”老臣以为，如果继续执行朝廷过去在西部的宗教政策，迟早还会发生这样的事情。真主教这些年在西域发展的太快了，老臣建议，在西域扶持佛教，抗衡真主教的势力扩张。”
“都起来吧！”朱由校不置可否，等众人起来以后，示意赵贞吉继续往下说。
赵贞吉站起来后，整理了一下衣冠，然后从怀中拿出一本厚厚的奏折，继续说道：”皇上，诸位阁老，臣最近得到了战略研究所的一份研究报告，有位名叫卢象升的军官发现了一个奇怪的现象：他对这些判断严重的地区做了一次调查发现，当信真主教的人口比例与其行为的关系如下：当真主教人口在一个地区少于2时，他们中的大多数会被认为是爱好和平的少数民族，不对其它公民构成威胁。”
说到这里，赵贞吉加重了语气，说：”卢将军根据世界各地真主教传播的情况进行了分析。当真主教的人口在2-5，
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