飞虎关战后刘綎率部跟上向飞龙关攀进，飞龙关由何汉良、田飞鹏率兵镇守，前有龙虎大道，与三十六级天梯相若，飞龙关一侧临百丈深渊，险峻阴深，蛇鼠为窟，常有哀嚎之声随阴风阵阵从沟下传来，毛骨悚然。何、田二人意欲使明军全部葬身入沟，特在龙虎大道遍置木石，辅以弓箭迟滞明军攻势，更用自制火药炸裂一侧山体，乱石飞下，明军躲闪不及，多有坠崖而死。
连续两日明军大半仍被迟滞在龙虎大道，刘綎大怒亲自督战，严令向飞龙关突进，直冲得沿途血肉横飞，明军死伤数百终冲过大道。刘綎观望飞龙关，乃用青石及石灰糯米砌筑而成，关为三开，三拱相套，两座月门，为囤东入大城门户所在。刘綎率部对飞龙关时攻时休，接连相持十日。刘綎弃用计谋，只作强攻，逢阴雨连绵便冒雨强攻，逢云开雾散便调火炮助阵，战事激烈，炮声如雷，龙岩囤上下皆能耳闻。
轮番强攻之下飞龙关渐渐难以支撑，杨朝栋又率部来援，飞龙关一侧关墙断裂，明军趁势大举攻入，刘綎随军突入飞龙关内直取何汉良、田飞鹏而去，何汉良见刘綎杀来，快步向前迎战，不过数招之后便死于刘綎刀下，田飞鹏见刘綎凶悍，转身便逃，刘綎张弓搭箭一箭射入后心，田飞鹏应声倒地。杨朝栋知飞龙关再难固守，当即率残部退守朝天关。
在明军猛攻前囤之时，陈璘、马孔英、吴广等部正攻后囤，杨应龙亦在后囤布有重兵，陈璘等于头道关隘后关门前便屡遭失利，时日已久，陈璘便令全军停止进攻后撤三里止步不前，实暗中设伏引诱播兵出关。明军故作懈怠，后关苗将自恃重兵在握，见明军连日攻关不下，死伤渐增，胆怯不前，便下令出关歼敌以便包抄明军大营。
陈璘得报播军出关，欣喜若狂，即令马孔英率部居左翼设伏，吴广率部居右翼设伏，陈璘自领中军吸引播军来攻。播军一路狂飙突进，杀声震天，陈璘遣数队分道迎敌，佯装大败，一触即溃，播军因此更肆无忌惮，直追入明军口袋。陈璘见时机已至，即令大放火器，马孔英及吴广闻声出动将播军合围，水泄不通。播军见误中伏击，全军欲撤，与明军激战一日，伤亡惨重，溃不成军，陈璘等率部掩杀，趁势夺下后关。
后播军于西关至后关之间大行游击袭扰，播兵惯于山间作战，于山林乱石之间，闪转腾挪，健步如飞，明军深受游击之苦，于山间难以轻易追击，只得被动防御，艰难行进。然播兵袭扰虽对明军有迟缓之效但对明军兵力而言却无多损害。陈璘等苦耗多日才至西关，与马孔英、吴广轮换攻关，两军相持不下，陈璘严令日夜交攻，苗兵胆寒弃关而走，明军攻占西关，全军疲惫，休整待命。至此明军围攻龙岩囤已达四十余日，前囤攻至朝天关，后囤攻至万安关，久攻不下再难前进一步。
明军围攻龙岩囤期间，总督李化龙于龙岩周边及播州境内遍召苗民樵夫问询龙岩囤密道，终有一人知龙岩囤后山之内有条隐秘山道可至囤顶之下，更有利于攀岩之处可入龙岩囤万安关之内，且该山道相对空旷无人把守。李化龙大喜，便令组探查分队随其潜入后山记录山道。
围攻至今苗兵死伤众多，苦于防守士气低下，龙岩囤内流言四起，杨应龙亦苦无破敌之策，终日烦闷以致暴性再起，稍有不顺便滥行杀戮，军中恐慌人人自危。军师孙时泰赶来劝道：“家主此举无异于将致众叛亲离，万不可如此。家主若有奋战之心，更因此时与播州勇士们同甘共苦，散尽家财激励战心。若无回天之力，为保这一众性命，家主您还不如即刻便向官军请降可换众生。”
杨应龙忽然大怒：“无耻老贼！我杨应龙岂是会屈服敌寇之辈，播州勇士也当视死如归，奋战到底！你竟在此要我自缚请降？贪生怕死之辈，苟且偷生之徒，计不能制敌我留你何用？！”随即一刀便将孙时泰砍翻在地，当场身亡。杨应龙本欲将其乱刀分尸泄愤，杨兆龙见状急忙上前拉住应龙，杨应龙才得以定神。
当夜李化龙大会诸将，令陈璘、吴广率部经秘道攻占万安关，趁夜奇袭大城，使其惊乱，吸引前囤苗兵回援，前囤诸将趁势夺关，占据四周险要，次日前后夹攻一举攻克龙岩囤，诸将领命。
当夜四更，陈璘、吴广率部潜行隐秘山道，衔枝攀登而上，奇袭万安关，尽除守关播兵向龙岩囤大城攻去，龙岩囤顿时陷入一片慌乱，杨应龙夜中惊醒，知明军天降万安关正攻囤顶大惊失色，夜散数千金募死士拒战，诸苗皆骇无所应者。杨应龙怒不可遏，提刀上阵，聚拢慌兵与明军血战，前囤朝天关、飞凤关守兵接杨朝栋调令，分兵回援。陈璘、吴广因兵力不足，又战片刻便引兵退还万安关固守。而前囤因分兵回援，疏于防范，明军趁势夺关，朝天、飞凤二关皆被明军攻占。
当夜杨应龙惊魂未定，提刀带队巡视囤顶，只见四面火光冲天，龙岩囤险要关隘皆被明军所占，彷徨长叹，哀从心起。随后转入王宫，与妻妾泣道：“杨应龙无能，愧对列祖列宗，无历代先祖之智勇，屡败于官军之手，龙岩囤四周险要皆已失陷，明日官军必将攻入此地，播州杨氏从此绝矣，吾亦不能复顾若矣。”妻妾无不嚎
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