次日清晨明军分从前后攻入龙岩囤内，苗兵皆散，再无战意。何汉良、田一鹏等死于乱军之中，杨应龙知大势已去，先命妻妾自缢，而后应龙亦随后缢死，自焚尸身。陈璘、吴广等俘获杨朝栋、杨兆龙等百余人却独不见杨应龙，吴广带人四处搜寻却见杨应龙已于火中自缢而死，吴广不顾火势急将杨应龙尸身从火中拖出，吴广也因此中毒火失声，昏厥倒地久后方醒。龙岩囤告破，播州平定。
十二月李化龙班师回朝，凯旋进京。午门献俘之后万历帝命磔杨朝栋、杨兆龙等于市，朝廷此后撤销播州土司，改土归流，置遵义、平越二府分属四川、贵州两省。万历帝下诏传捷于天下并接受百官朝贺。
时内阁首辅赵志皋此前因病情加重，已归乡休养四年，但并未解职。期间对朝廷大事屡屡上疏，万历帝特派陈矩前来探视，赵志皋因病难以下榻便命人请入，苦笑病体难愈不能起迎，连连请罪。陈矩说道：“阁老自当保重身体，重病缠身仍多次向皇上上疏国事，阁老体弱仍忧国忧民，皇上不忍，特派咱家前来探视，并带来宫中良药，请阁老定要安心休养，按时服用。”
赵志皋再谢：“老臣深受皇恩，即便百病缠身，对国事不敢不知亦不敢不思，皇上挂念令老臣动容，请问陈公公此来是否还有其他旨意？”陈矩答道：“皇上也知阁老忠君为国之心，特命咱家来听取阁老对今后朝政之见解，阁老不妨尽述于咱家，之后便请安心休养，等待回朝旨意。”
赵志皋连咳数声，艰难正身，语重心长道：“老臣知陈公公素来慈悲为怀，明辨忠奸，老臣自知应来日无多，特有肺腑之言还请陈公公能转述于皇上。这些年来连年大战，北部边关，西南边陲又小战不断，边关重镇及内地中能征善战之将，久经磨砺之兵死伤不在少数，如今各地军中空饷、占地、逃籍、腐化、兵变之事频发，军中普遍战力低下，不似士卒更似苦工，无人敢言而已。如今积弊已久，根治顽疾谈何容易，精兵多丧，十数年内再难练成，期间边关若再生大患，朝廷不知又将耗费多少国力。老臣以为应当养精蓄锐，安抚边疆，使蛮夷内乱而无力窥我大明，请皇上务必思量。
国库内库每年本就开支巨大，加之连年大战及灾情下来，朝廷已无盈余之银。要恢复民生，修缮城池，重整耕地等诸多事宜所需银两必在军费数倍之上。如此算来今后几年的朝廷开支必定入不敷出，各省官员之中仍有贪腐之行，兼并土地之举，皇上又大出矿监与民争利，如此下去若不能开源节流，增产食粮，不知何年必将有惊世民变。望皇上三思。”
陈矩问道：“咱家听闻这东南之地商业繁华，所得白银不计其数，就连织造局都快比不上了。但商税极低，商贾自肥。功名之人及官宦之家良田众多又不必缴税且多有兼并土地，百姓亦多有依附，请问阁老此事又该如何啊？”
这赵志皋答道：“这税收之法为太祖所立不可破之，中举可免四百亩，进士可免两千亩，官至四品再免两千亩，二品以上则免万亩，此为优待激励之策。所生弊端自然需设法补救，更需另思开源节流之法，老臣已老迈昏聩，又重病缠身，一时间也难有良策，只劝万不可与民争利而已。但最担忧的便是因国本之争，君臣对立，皇上怠政，朝中渐有党争之象，栋梁之臣亦难有作为，如此必将影响两京一十三省吏治民生，请皇上。。。。”
赵志皋欲言又止，忽病症再现，虚弱无力，陈矩见状连连好言相慰，苦劝静养，对其府中下人几次叮嘱过后便向赵志皋告辞启程返京。后朝中百官于万历二十九年始又开始纷纷连月上疏请册东宫，万历帝皆留中不发，置之不理，朝中议论纷纷，谣言又起。李太后亦坐立不安，忍无可忍，独召万历帝来慈宁宫觐见。万历帝知太后是因国本之事含怒待发，因而颇感不安。
李太后向万历帝质问道：“满朝文武屡屡上表请求立皇长子为太子，你为何总拖延不立？十多年来国本之事久久未定，是皇长子失德，不配称为太子？还是你当真欲废长立幼！哀家听闻因这国本，你屡屡拿百官出气，自古贤君明主有哪个如此行事？！你想让祖宗的江山社稷毁于一旦不成？！朝中政务哀家不管，皇上自有主张，哀家也知你有明断是非，知人善任之能。但在这国本上你怎么如此糊涂？！哀家本也不想过问此事，但至今也忍无可忍，你倒说来，皇长子究竟为何不能成为太子？！”
万历帝答道：“母后息怒，都是儿臣之过才使母后如此伤身。儿臣绝无废长立幼之意，也绝非任性妄为，肆意凌辱百官，这其中桩桩件件内因复杂，借国本而谋私者大有人在。儿臣之所以迟迟未立太子是为磨砺之意。此事常洛也心知肚明，深体儿臣苦心。”
李太后责问道：“皇上九五之尊，万民君父，今日怎么在自己母后面前尽是满口谎言？！是为磨砺？哀家看你除了训斥疏远之外，毫无磨砺之举。如此是为磨砺太子真是闻所未闻，大明列祖列宗也无先例可循，到是当今皇上独树一帜啊。皇长子为何深体你意？那是被逼的！是恐惧！你如实说来究竟为何！”
万历帝见太后如此训斥，心中百感交集，喃喃言及因皇长子朱常洛为宫女所生，地位低贱所致。李太后听罢勃然大怒，持杖杵地，震惊殿宇。李太后手指万历
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