理查德·帕克与柯蒂斯·康纳斯博士共同产生跨物种基因理论，跨物种基因理论不止外面公众，就连奥斯公司内部所嘲笑，俩人都被称为科学怪人，直到理查德·帕克培育出了变种蜘蛛取得令人震惊的成果，但就在这时，理查德·帕克夫妻双双神秘失踪，留下儿子彼得·帕克从小寄居于本叔夫妻家中。
彼得从小到大都由本叔叔和梅婶婶抚养长大，彼得自己也孜孜不倦的寻找和自己身世相关的线索。
地下室漏水事故，彼得整理地下室时，无意间发现了父亲留下的公文包，在公文包里找到一张理查德和柯蒂斯合影报纸的剪切，同时还有父亲奥斯公司的证件和眼镜等杂物，彼得取下隐形眼镜换上了父亲遗留下来的眼镜，还从公文包夹层里发现关于衰变率演算法的资料，叔叔本也告诉彼得和他父亲合影的人叫：柯蒂斯·康纳斯。
彼得上网查询查询相关资料发现旧时的报道父母空难致死的新闻，不相信父母死亡这么简单的彼得看到奥斯公司实习参观已经停止报名了还是决定要去，彼得冒名领取了一张实习证，第一次和柯蒂斯接触留下了映像。
彼得尾随博士的助手进入潜入生物纤维研发部，发现里面在提取变种蜘蛛的蜘蛛网制作纤维，好奇心促使下触动了机器出现意外，他离开时却没发现有只活的变种蜘蛛在他身上，当他的实习证被格温·史黛西没收后被咬，在回家的地铁上就出现了变异……
回家后先是饥饿异常，接着近视恢复，力气倍增，种种意外让彼得搜索被蜘蛛咬的后果，无果后找到柯蒂斯家中，经过交流，柯蒂斯对彼得刮目相看，邀请他到公司。
彼得受邀到奥斯公司时发现了加纳利设备，并且知道这设备只要装上抗原就能够覆盖一片区域，但正因为这样，设备被禁止。
彼得参与了柯蒂斯关于蜥蜴断肢重生的研究。
晚上与叔叔本闹矛盾的彼得在超市遇到了抢劫，本就心情不好的他并没有理会，意外的抢劫者枪杀了不放心彼得跟出来的叔叔本。
不甘心的彼得晚上开始自己蒙面寻找凶手，并利用奥斯公司的生物电缆发射器制作自己的手腕蜘蛛网pēn_shè器，同时还制作了监听警方通讯的装置，两相结合更有利于他寻找杀死叔叔的凶手，结果凶手没抓到坏人抓到不少，随着不断的暴光，彼得又给自己设计了专用的服饰，因为非警员的原因还与警察产生一次追逐。
柯蒂斯不想做人体实验与奥斯公司产生矛盾，结果被奥斯公司开除，不甘的柯蒂斯用自己做人体实验，昏晕醒来发现自己断肢重生，但还没等他高兴多久意外就产生了，初次变身成蜥蜴人的柯蒂斯在大桥上大肆破坏，刚与格温告白的彼得不得不赶往现场阻止意外，彼得此次的见义勇为确定了自己的名号：‘蜘蛛侠’！
蜘蛛侠刚出名就被警方通缉，彼得去找柯蒂斯正好碰到柯蒂斯收拾东西离开，当柯蒂斯离开后意外发现实验鼠突变吞食另一只实验鼠，这让如有所感。
彼得将自己的发现告诉格温的父亲乔治·史黛西警官，乔治并不信彼得所说，但以防万一还是要了柯蒂斯的资料。
彼得意外发现蜥蜴动向，找到城市地下隧道，结果发现自己不是蜥蜴人的对手，却不想留下的设备让蜥蜴人追查到蜘蛛侠的身份。
蜥蜴人大闹彼得学校，彼得追踪逃离的蜥蜴人发现了隧道里的实验室，发现蜥蜴人既然计划把全城的人都变成蜥蜴人。
蜘蛛侠离开隧道受到警察的围捕，被乔治发现了他的真正身份，彼得向乔治讲明事态及其格温的安危，乔治决定暂时妥协放行。
蜥蜴人夺取了加纳利设备，蜘蛛侠在大家的帮助下赶到阻止疯狂的蜥蜴人，不是蜥蜴人对手的蜘蛛侠在乔治的协助下释放了解药。
乔治伤重不治牺牲，蜥蜴人被解药恢复人身柯蒂斯……
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