克莱尔在寻找雪利尔途中，巧遇雪利尔的母亲安耐特，当她得知克莱尔在一直帮助雪利尔的时候，向克莱尔讲述了灾难的经过，这时，从远处传来了雪利尔的一声尖叫，两人急忙分头寻找，在隧道里，克莱尔找到昏迷的雪利尔。克莱尔一路保护着雪利尔，达到一个车厢内，雪莉感到不舒服，克莱尔感到事情不妙。就在这时，那只人形怪物——威廉出现了，经过艰苦的打斗，怪物被成功地击倒了。
艾达和里昂早先也与威廉战斗过，艾达受伤，里昂将她安置好，一个人先打探出路。返回时艾达已经不见了。里昂继续前进，不巧又碰见了安耐特，安耐特以为里昂是安布雷拉的间谍，还告诉里昂那个叫艾达的女子以找男朋友为借口，其实她也是间谍！里昂不相信。安耐特为报仇，要杀里昂，突然屋子上方的一阵震动将几个大铁管子震了下来，安耐特被砸昏了。里昂从她身上找到了使全镇人疯狂的“g病毒”。里昂乘坐那里的高速列车准备离开这里，但这时艾达出现，并要里昂交出“g病毒”，原来她果真是间谍！里昂不肯，两人这样僵持着。最后，艾达屈服了，放下了手里的枪。就在他们准备利用地下研究所逃生列车离开浣熊市的时候，安布雷拉空投下来的一个tyrant（暴君·改t－002型）出现在里昂面前，为了掩护里昂，艾达被tyrant杀死，翻身掉下铁桥，研究所自毁装置也因tyrant对艾达的致命一击而启动。里昂消灭了tyrant，伤心之极，拿出那支“g病毒”，将它抛向了空中。不久，“g病毒”被幸存者汉克找到，并成功收回。
过了一段时间，安耐特又在别处遇见克莱尔。她想使用研制成功的疫苗将自己的丈夫变回人类。但是，由于威廉已经失去了人性，安耐特被威廉变异的手指杀死。克莱尔从安耐特的手里拿到了疫苗合成方法，于是决定为雪利尔配一支。在撤离途中，大怪物——威廉不依不饶，一定要干掉与靠近雪利尔的人，他从g1变到g3形态，最终还是被克莱尔轰倒。在同时，里昂找到了逃出基地的火车，在和暴君最终形态单挑时，艾达的身影出现并给他扔下一枚救命火箭筒结束了这场战斗。里昂，克莱尔，雪莉乘上火车，却被变异的威廉困在车上，最终火车爆炸，三人逃出了研究所。克莱尔的下一步是去找哥哥。
前.a.r.s成员布拉德.威克斯在城市里被追踪者所杀。
另一边，吉尔正被追踪者（tyrant－203型化学武器）追杀，并遇到安布雷拉公司的生化危机特别应变部队的卡洛斯（carloicor）45岁，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队bb小队队长。过去曾任kgb（俄国某调查局，类似美国的fbi）组织的领导人。尼古拉（nicinovaef）35岁，u.b.c.s士兵，俄罗斯人，安布雷拉的对策部队b小队b分队的佣兵。尼古拉行踪不明。三人刚将电车开走，追踪者鬼使神差般出现在电车里，米克鲁拿出炸弹与其同归于尽。电车在钟楼外停下来，追踪者复活又出现，吉尔和卡洛斯与追踪者展开殊死搏斗，怪物因受伤过度倒在火海中，而吉尔也负了重伤。卡洛斯上附近大医院取药，凑巧尼古拉也在里面。而且的尼古拉身份在此暴露，实际上他是个监视员。卡罗斯回去医好吉尔，为调查尼古拉，他先行离开。吉尔刚出门和追踪者又是一番激战，追踪者又被打倒。在安布雷拉驻当地的作战室，吉尔与尼古拉相遇，尼古拉说他只是为雇主收集生物兵器的战斗数据。1998年10月1日，美国政府为了杜绝所有的后患，将以核弹对浣熊市进行彻底消毒。卡洛斯找到吉尔告诉她军方将在明天炸毁这个城市。在废品处理厂，吉尔又一次打倒了追踪者。在控制室里，吉尔又干掉了尼古拉。在控制室的地面打开了一条逃生通道，追踪者从通风口里又拦住吉尔，而且变成了个爬行动物，吉尔利用离子炮将它完全轰碎。外边，巴瑞开着直生飞机在等着他们，吉尔和卡洛斯上了飞机，一枚导弹从身旁掠过，接着背后是浣熊市被炸后的一片火海。
进入浣熊市的美军在与生化怪物的战斗中遭受严重损失，最后在实验体销毁工厂消灭五具tyrant之后匆忙撤退，并于10月初投放核弹毁灭整个浣熊市，10万人在此役中死亡。史称浣熊市生化危机事件。
原先已确认死亡的艾达，在投靠至‘f.c..a.r.s.队长威斯克的救助下复活，威斯克从威廉身上得到“g病毒”，艾达在暗中给予里昂和克莱尔协助之后，与威斯卡一起逃出拉昆市。
1998年10月上旬在欧洲传来了有人见到艾达的消息，但随后目击证人去向不明。
1998年10月9日席那岛监狱的年轻囚犯计划集体越狱。
1998年10月10日席那岛监狱发生囚犯企图夺枪集体越狱事件，席那岛司令官宾赛德下令将逃犯全数射杀。
1998年10月11日宾赛德命令席那岛监狱长，命令将囚犯就地全数处决，以‘集体自杀’的方式向保护伞公司高层汇报。
1998年10月中旬美国中央情报局和里昂取得联系，以雪利与里昂的性命作要胁，迫使里昂接受了情报局所交付的秘密任务。里昂暂时待在cia工作并进行调查，但是cia是否有其它目的并不明朗。
1998年11月初接受好友里昂的委托，亚克
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