东汉末年，各地封建官僚和豪强大族在镇压黄巾农民起义的过程中，迅速扩大自己的武装势力，形成“大者连郡国，中者婴城邑，小者聚阡陌”（《三国志》卷2《魏志·文帝记》注引《典论。自叙》）的割据混战局面。经过一系列的兼并战争，曹操、刘备、孙权三大军事集团各自在中原、西南和江南地区建立起比较稳固的封建政权。魏、蜀、吴三国鼎立格局的出现虽然是军事斗争取得均势的产物，但大规模的战争仍然持续不断。
因此，三国统治者对于军事制度的建设都极为重视。魏、蜀、吴的军事领导体制及其他军事制度既有沿袭两汉的内容，又有鲜明的时代特点和各自的地域特色。
一、中央军事机构
建安年间，曹操先后任司空录尚书事兼行车骑将军、丞相、魏公、魏王，掌握着东汉王朝的军政大权，汉献帝不过是他“挟天子以令不臣”的政治工具。曹府实际上既是最高的行政机构，又是最高的军事机构。建安元年(公元196年)曹操为司空录尚书事兼行车骑将军。司空贵为三公，可以开府设曹治事；录尚书事总揽朝政，无所不统；车骑将军是当时最高军事统帅（据《三国志》卷1《魏志·武帝纪》，建安元年九月汉献帝都许县后，曾拜曹操为大将军，但为时不到一月，曹操即将此职让与袁绍，改任代理车骑将军。袁绍为大将军只是挂名而已，曹操以行车骑将军的身份领兵，才是当时最高军事统帅。）府中所置领军、护军各一人，系曹操的主要军事幕僚，平时参与军事机密与决策，战时代表统帅指挥与监护诸军。
建安十三年(公元208年)，罢三公，曹操独任丞相，综理众务，权力更为集中。领军、护军改为中领军、中护军，仍是曹操的主要军事助手和中央直属军队的统帅官。此外还有军师祭酒、军谋祭酒、参军事等参与军事谋议，左右司马主管军务。至于相府诸曹，也多与军事有关，如东曹主武官任用，兵曹主日常军务，尉曹主运输供给等。
曹丕代汉称帝后，为了防止权臣篡政，不设丞相，复置三公(太尉、司徒、司空)，但“三公无事，又希与朝政”，（《三国志》卷24《魏志·高柔传》），皇帝统御全国军政的最高机构为尚书、中书二省，录尚书事、尚书令、中书监及令成为协助皇帝进行军事决策的主要助理。执掌兵事的最高武官为太尉、大司马、大将军，而实际处理日常军务的机构是尚书省下属的五兵尚书曹，该曹分置中兵、外兵、都兵、别兵、骑兵五曹郎，各司其职。这一常设性的军事行政机构的创立，可谓后代兵部的滥觞。皇帝委任“都督中外诸军事”作为最高军事统帅，代表皇帝统率与指挥全国军队。
曹魏后期，君权衰微，曹爽以大将军、都督中外诸军事、录尚书事、侍中的多重身份，集军政大权于一身，皇帝实同傀儡。正始十年(公元249年)“高平陵之变”后，曹魏的军政大权又旁落于司马氏家族手中。甘露五年(公元260年)，司马昭“以相国总百揆”，（《晋书》卷2《文帝纪》），相府凌驾于朝廷之上，成为实际上的最高军政权力中心。司马昭既是最高行政首脑，又是最高军事统帅，魏王朝已经名存实亡。
蜀汉的创立者刘备在起兵后，长期打着维护与继承汉室的正统旗号。他先以左将军领司隶校尉的名义开府，后又以大司马、汉中王的身分组建益州地区的最高军政权力机构。刘备在自己的统治范围内，同曹操一样，既是最高的行政首脑，又是最高的军事统帅。
诸葛亮任军师将军，作为幕僚长，协助刘备处理军政事务。此外还有长史、主簿、参军等幕僚，分掌军政、民事。章武元年(公元221年)，刘备称帝后，仍然担任最高军事统帅，不仅直接掌握军权，而且亲自率领大军伐吴。诸葛亮为丞相录尚书事，总理众务，丞相府成为蜀汉皇帝统御全国军政的最高机构。
刘禅继位后，耽于游乐，不理朝政，诸葛亮掌握军政大权，是蜀汉实际上的最高军政首脑。丞相府置有军师祭酒、中前后三军师以及司马、参军等主要军事属官。诸葛亮死后。蜀汉不再设丞相一职，以录尚书事、平尚书事或尚书令为最高行政长官，大司马为最高军政长官，大将军为最高军事统帅。如蒋琬、费祎都是以大将军兼录尚书事的身分任最高军政长官，集军事、行政大权于一身。蜀汉末年，姜维任大将军时，加上“都督中外军事”的职衔，成为有职有权的最高军事统帅。
孙权割据江东，继承父兄的未竟之业，先后以讨虏将军、骠骑将军、车骑将军、吴王的名义开府，成为东吴地区的最高军政首脑。将军府或王府就是最高军事机构，孙权自任最高军事统帅，有战事时便临时委任将领以都督、大都督等名义担任参战诸军的主帅，如赤壁之战时以周瑜、程普分任左右督，夷陵之战时以陆逊为大都督。
黄龙元年(公元229年)，孙权称帝，以丞相为最高行政长官，左、右大司马主管军事行政，大将军或上大将军为最高军事统帅。不过孙权在位期间，军政大权高度集中于皇帝手中，丞相没有实权，由尚书令、中书令、侍中等参与军事决策，协助皇帝处理军政事务，因而尚书、中书二省为东吴皇帝统御全国军政的最高机构。
孙权死后，继任者一般不再像孙权那样经常直接统率与指挥军队作战，而由大将
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