针对各路军营无所统属，将领各怀自私自利之心，争功诿过之事不断发生的情况，他授原总统四川军务的勒保为经略大臣，赐以印信，规定所有各路带兵大臣及陕西、湖北、河南督抚等悉受节制，“以一事权”②。为了赋予勒保更大的权威，嘉庆帝给予勒保“一面拿究，一面具奏”③不遵军令贻误重大军情者的特权，同时，又授明亮、额勒登保为参赞大臣，“别领官军，各当一路”④。
勒保制定了先筹川陕的用兵计划，坐镇四川，督率多路清兵，对起义军围追堵截。然而时过半载，据副都统福宁奏称：“贼以胁从而日增……据川东北各府厅州县禀报，多者万余，少者数千，其不知首逆姓名者，尚不知凡几，新起之贼实多于剿除之数。”⑤这说明，起义军不但没有被消灭，声势反而越来越大。嘉庆帝迁怒于勒保，于同年七月，以“经略半载，莫展一筹”等罪名，将勒保逮问治罪，其经略事务以将军明亮代之。不久，又以明亮行动迟延，将其免职。以都统额勒登保代之。
额勒登保系清军中一员悍将，在清廷镇压苗民及川、楚、陕农民起义中，“战绩为诸军最”①。他注重军纪，其军行经之地，民间竟能“无不安堵欢迎”②。特别是他自律甚严，胡齐崙一案，督抚将帅皆受其赠，独额勒登保未受其馈，故被嘉庆帝选择为经略大臣。
清廷耗帑数千万，经历数载而不能消灭起义军，究其原因，撇开起义军本身的原因不谈，这与清军各路将领及地方大员推诿塞责、畏缩避战有很大关系。他们或者虚张声势，将义军逐出管辖地段，而后粉饰奏报以塞责，或者以绕截为高，远远避开农民军的锋芒，而是以逐日向朝廷奏报起义军的行踪为事。当时流传的“贼至兵无影，兵来贼没踪，可怜兵与贼，何日得相逢”说法③，正是清军将领和地方大员畏缩避战的真实写照。河南巡抚景安尤其突出。他领兵驻扎南阳一带，任务是堵截湖北起义军进入河南，然而，他惟知远避尾随，从未和起义军正面交战，人皆呼之为“迎送伯”。嘉庆帝在确定了统兵大员之后，立即着手去贪惩懦，对围剿不力的将吏加以惩处，以永保“纵贼”湖北，景安“纵贼”河南，宜绵、秦承恩“纵贼”陕西，英善、勒保“纵贼”四川，惠龄“纵贼”渡汉江的罪名，将景安、永保逮交刑部，拟重辟，秦承恩、宜绵遣戍伊犁，英善驻防西藏，惠龄降级调用。他又针对各地官员“皆自顾疆域，以逐出为邀功，从不肯实力痛剿”④的行为，借严惩之机，进一步明确了各省将吏防守围剿之责，“责成各督抚将帅，各歼贼本境。倘有逸出邻境者，即治以“纵贼之罪，其邻省边备不严者，即治以疏防之罪。”①
清廷镇压农民起义历久不能奏效的事实，使嘉庆帝认识到“诛之不可胜诛”的道理。他决定改变乾隆帝所实行的单纯军事围剿政策，采取“除著名各首逆自当悉数歼擒、断难宽宥外，其余逼迫附和之众，若有临阵投降，悔罪乞命者，不妨剿抚兼施，以期解散贼党”②的新政策。嘉庆四年正月，他诏谕天下，宣称：“各路贼队中之良民，如有能缚献贼首，悔罪立功者，不但宥其前罪，尚可……格外邀恩。否则或潜行散去，或临阵投降，亦必释回乡里，俾安生业。”③此后，他采取各种措施，把剿抚兼施政策付诸实施，其中重要的一条就是，优擢良吏，惩办贪官酷吏。他亲政后，立即抓住被清军诱捕解京的起义军首领王三槐供词中“官逼民反”一句话大做文章。起初，他将义军之起，
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