利率市场化的过程，实际上就是不断打破行政性市场分割，形成完整的、相互联系的金融市场的过程。在这个过程中，不同市场所反映的不同利率定价机制相互竞争，不同市场之间的监管规则也在相互竞争（监管套利）。市场的融合也带来跨市场创新和混业经营。这在微观上提供了创新的机会，但也增加了银行等金融机构推广新产品和新业务过程中可能存在的风险。从宏观角度看，这个过程加强了金融系统的相互联系，凸显了系统性风险防范的重要性，增加了金融监管协调的紧迫性。
利率市场化过程往往与金融自由化相联系，竞争的压力和更有效的风险分担机制，使得金融体系能服务于风险更高的客户和业务，导致信贷规模扩张。如果考虑到实体经济中往往存在财务纪律不强的实体，如国有企业、地方融资平台等，在利率市场化导致竞争加剧的情况下，还会推动信用无序扩张，埋下泡沫化的风险隐患。
金融监管和货币调控，总是需要适应于特定的金融发展阶段、金融结构和运行模式以及金融损失最终承担模式。利率市场化过程，将引起银行和非银行业务模式的变化。适应于原有模式的监管和货币调控工具有效性逐步下降，新的市场机制尚未建立，与此相关的监管和货币调控工具有效性不足，过渡性的金融业务和运行模式挑战监管和货币调控。
从监管层面上看，一是对利率以及流动性风险的监管工具和手段还没有建立和完善。由于我国长期实施存贷款利率管制，近些年虽然银行也增加了对货币、债券市场的参与程度，但仅限于可交易资产部分。随着利率市场化的推进，银行的存量资产将开始面对利率市场的波动，基准利率的变动将更加频繁、收益率曲线和利差变化对银行资产负债表的影响日益增加。主要银行在这方面的分析和准备并不充分，中小银行，特别是城市商业银行、农信社农村商业银行以及村镇银行的基础更加薄弱。监管部门对利率风险的监管重要性更加凸显，但面临着微观主体利率风险管理能力薄弱和宏观上缺乏有效监管工具和手段的困境。
随着利率市场化的推进，单个银行的流动性风险将增加（资产负债表的流动性都可能增加），与此同时不同银行之间，银行和其他金融机构之间的资金转移的可能性也在增加，宏观经济变动对银行体系的流动性影响更加明显。这种背景下，如何提高流动性监管的有效性成为一个关键。银监会如何在当前存贷比指标的基础上，监测更多流动性指标，以及如何更加有效地使用流动性覆盖率（lcr）和净稳定资金比例（fr）这两个监管指标，也需要提上议事日程。
二是应对金融创新和金融市场融合的监管能力有待提高。为更加有效地实现金融产品准入，既支持银行通过金融创新应对利率市场化可能带来的冲击，又控制金融创新过程中可能产生的风险，有必要建立有效的分层次金融创新准入体系。更重要的是，在金融市场融合过程中，金融创新（业务、机构和资金）更多地体现在跨市场、跨地区和跨境的融合上。需要尽快推动功能监管或者监管协调。
三是需要提高有助于应对系统性风险的监管体系。建立常规性的系统性风险监测指标和预警体系，引入压力测试等工具。
从货币调控角度看，随着我国利率市场化的推进，银行在社会融资中的比重快速下降，银行表外业务融资和市场融资在社会融资中的重要性越来越高。与此相适应，以银行存款为主进行划分的货币供应量与实体经济之间的联系越来越弱，数量型的货币调控有效性下降。但是，由于利率市场化并没有最终完成，包括利率通过债券市场和多层次信贷市场向实体经济传递的有效性并不强，还缺乏基于利率的价格型货币调控工具。
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