3、栽培技术的进步
我国是世界粮食和蔬果栽培植物起源中心之一。明代后期作物栽培和管理技术比以往有了较大提高。在药用植物性状研究的基础上，对栽培作物性状的研究也开始有了进展。王象晋在《群芳谱》中考察了大麦、小麦、玉米、甘薯等作物的性状，开栽培作物特征研究的先河。对水稻密植的认识和实践已经达到相当成熟的程度，农史专家据《沈氏农书》等农书提供的资料估算，明末浙西太湖地区水稻栽插密度甚至超过“解放以前和解放初期”[32]。北方北直灵寿县试验的“亲田法”，高度密植种粟，其密度也高出现在的水平[33]。徐光启在《农政全书》中对棉花栽培技术作了系统总结，即精拣核、早下种、深根、短干、稀科、肥壅，这是植棉技术史上的巨大贡献[34]。在我国粮食作物中，甘薯最早应用无性繁殖，将无性繁殖技术推进一步[35]。在太湖流域等平原水网地区，综合利用自然资源，水利、种植业(粮食作物、桑树等)、畜牧业(猪、羊、禽等)、渔业、农副加工业联为一体，多种经营，互促互荣，形成生态农业[36]。种子对于作物“犹人之有父也，地则母耳。母要肥，父要壮”，因此必须选育良种。耿荫楼在《国脉民天》中讲的“留种田”，即种子田，在选种理论和方法上都有新的发展。此外，在深耕、中耕、光照、除草、土壤、嫁接、移植、杂交、播种、浸种、育秧、温室以及防治病虫害等方面也都有不同程度的发明和进步。
4、水利的兴修
明代水利，从投资兴办来说，可分为官府督办和民间自修两类，而以官府督办为主。官办水利的主要范围，一是对南北大运河的疏通；二是对黄河、淮河及泇河、卫河、漳河、沁河、滹沱河、桑干河、胶莱河等北方区域性河流的治理；三是对江南和其他地区水利工程的修复和兴建。官办水利的主要实施方式是，或朝廷拨银招募民夫，或督率民夫以工代赈；为了鼓励北方垦殖水田，官府有时还向农民配发农具、耕牛、种子，减免赋役。“终明水政屡修”，水利工程的规模超过前代，从而保证了农业生产的发展和水路交通的运行。
明太祖朱元璋视水利为农业根本，给予高度重视。仅洪武二十八年一年，在朝廷派出的圈子生督率下，全国各地即修筑塘堰四万九百余处。洪武二十三年，修筑苏州府崇明、通州海门决堤，动用民夫25万人。洪武二十五年间，开凿溧阳银墅东坝，招募民夫35．9万余人。水利工程不限于财富之区江南，各地皆有兴建。南直和州铜城堰闸、山东登州蓬莱阁河、河南磁州漳河大堤、河南洛堤、陕西泾阳洪渠堰、广西兴安灵渠、四川彭州都江堰、四川永宁水道等工程，皆为明朝开国后或新建，或修复。永乐朝，不仅开始了围绕开通南北大运河而对黄河、淮河的治理，而且进一步在各地兴修水利。特别是经济不发达地区的水利工程，对于这些地区的开发具有重要意义。湖广安陆京山汉水堤岸、安陆州渲马滩堤岸、京山景陵圩岸、石首临江万石堤、广济武家穴江岸、监利车水堤；南直隶西部地区(今属安徽)安庆府潜山怀宁陂堰、和州含山崇义堰、宁国府宣城圩堰、太平府芜湖圩岸、凤阳府安丰塘等皆为永乐年间或新建，或修复。在北直隶，顺天、保定、真定、河间、大名、广平、顺德、永平诸府也都有不少水利工程。
水利设施可以较长时间发挥功能，明前期的水利建设为后期奠定了良好基础。明后期，水利虽受政治腐败的不利影响，但仍有发展。嘉靖初年，对北直隶卢沟河、琉璃河、胡良河、白沟河、沙河、唐河、滹沱河等河流及白洋淀进行竣疏。隆庆年间，开通湖广竹筒河。江南巡抚海瑞疏通吴淞江、白茆河。万历二年，修筑湖广荆州采穴、承天、泗港、谢家港诸决堤口，复筑荆州、岳州等府及松滋诸县老垸堤。六年，吴淞江中段疏浚工程完成。万历中期，特设苏松水利副使，督率治理太湖地区水利，先后“浚吴淞八十余里，筑塘九十’余处，开新河百二十三道，浚内河百三十九道，筑上海李家洪、老鸦嘴海岸十八里”。万历年间，还在京畿地区设坝、建闸、引流、通渠、筑堤，开垦水田，种植水稻[37]。
黄河、淮河历来多害。明代国家治黄、淮多与疏浚南北大运河、保障漕运相结合。永乐九年，命工部尚书宋礼征调民夫30万人，蠲免租赋110万石，修浚会通河，全长450里；同时征发民丁10万，修浚黄河故道，南人于淮，与会通河相汇，于是南北漕运畅通[38]。以后黄、淮屡屡改道决口，朝廷不断兴工修治。成化年间特设河道总理，专负黄淮等河的治理。
明后期，也兴办了一些较大的治河工程。嘉靖四十五年，工部尚书兼理河漕朱衡督率民夫开新河鱼台至留城140余里，浚旧河自
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