值得注意的是，《1961年教育法令》第21条第二款还授权：
“任何一个时候，只要教育部长认为某一间国民型小学已适当转变为国民小学时，他可以直接命令有关学校改制为国民学校。”
华小也曾面临改制威胁。
第二，考试媒介语问题。
通过争取，国民型华文小学和独立中学虽然得以继续以华语为主要教学媒介语，但其毕业生在社会出路上却遇到了严重刁难。早在《1957年教育法令》在立法议会审议时，教育部长就解释道，考试将分为“公众考试”和“升级考试”两种，前者为政府机关服务资格考试，只以官方语文（马来文或英文）出题及应考。1956年11月，联合邦政府向所有华文中学发函，要求所有学校须为学生准备报考政府主办的初级文凭(ice)和联合邦教育文凭（fe）两个阶段的考试。1957年2月24日，董教总和马华中央教育委员会召开全国教育团体代表大会，决定委任一个15人委员会，授权与政府交涉。当时还发生了读中文却被要求考英文的华校学生罢课事件。此时，教育部长才正式澄清，政府主办的1956年lce考试实为英校而设，并同意为华校生单独开办初中（1961年被取消）和高中会考（独立后改为高中离校文凭．1963年被取消），不过同时又强调，该两项会考与lce和f不具同等地位。《1960年达立报告书》再次建议：为了团结各族人民，中学的所有公共考试，只能以国语或官方语文的英语出题。
这一项建议最终亦被列入1961年教育法令而得以强力推行。
第三，超龄生与独中生存问题。
在20世纪50年代，华校尚招收有大量超龄生。华文中学接受改制后，马上带来的严重问题之一，就是这大批超龄生将被推出校门，势必为社会造成极大的压力。这是因为，根据华文中学改制条件之一，即“依照部长所规定之学龄法则计算，凡超龄之儿童各级不得收容，或予以留级；惟法则所准许者，则例外”。另外，由于当时小学升中学考试（1965年该项考试被废除，小学生毕业后可以直接升人中学），每年要淘汰大约70的学生。这两种情况反而为独立中学的继续存在和发展创造了条件。除了未接受改制的华文中学外，接受改制的华校同时也兼办独立班，亦称“独立中学”，专门招收被推出校门的超龄生。所以，改制后的最初几年，独立中学在生源方面亦曾有过几年“好景”。尽管如此，政府只管改制，而不惜牺牲大批超龄生的不负责任态度，显然会加剧华裔族群对其改制意图的怀疑态度。
第四，董事会职权问题。
马来亚／马来西亚的华人教育，在很大程度上是依靠华人自己的力量来支持其存在和发展的，各项管理则由各校自己的董事会负责，这是华校特有的组织。然而，这种自我管理状态，被《1957年教育法令》打破了。因为法令第四十五条第一款规定：“倘部长有相当的证据，可以相信一间学校之纪律不曾充分维持，或者故意不遵守校董事会或学监之章程，或者不遵守本法令之各项规定或其他依本法令而制定之法规条例，或者辅助学校之财源或基金不曾妥为管制时，部长可以指名任命额外校董或学监，其名额由部长决定。这类额外校董或学监，在任何情形下，都得承认其为该校之校董或学监，具有其他校董或学监依法或依章程而具有之相同之职权，且得执行之。”这条法令被华人理解为是“消灭华文教育的先声。”亦引起华人社会尤其是教育界的严重忧虑。
第五，独立大学与华文高等教育问题。
到独立前夕，马来亚华人完全靠自立，已经建立起了从小学到大专的较为完善的华文教育体系，但是，独立后随着新加坡最终自为国家，马来亚／马来西亚的华人教育体系由于失去了大专这一环节（南洋大学虽已成为新加坡的大学，但仍可以招收马来西亚华人考生），就变得不完善了。《1967年国语法案》颁布后，教育部长又多次宣布大马学生赴国外深造要拥有剑桥或马来西亚教育文凭，并在后者的马来文试卷中考获优等成绩。这就为华文独中毕业生到新加坡和中国台湾高等学府继续学习造成了极大障碍，因而迫使华人考虑在国内建立自己的华文大学。于是，1968年4月14日，各州199个华团的700余位代表齐聚雪州中华大会堂，共议筹办华文“独立大学”事宜，议决成立独大有限公司，专督筹办事务，各地州、县级独大筹委分会亦纷纷成立，筹款因得广大华人的支持亦进行得较为顺利。然而，恰在独大问题上，马华公会与董教总之间再次出现了严重分歧和对抗。马华公会单独申办了拉曼学院，因得到联盟政府的支持，很快于1969年获准成立。
独大则在1969年“五一三”
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