发生了“五一三”事件后，马来西亚华人不仅承受了最大的牺牲，其社会地位也在很长时期内受到了严重的影响。马来人领袖则借助强有力的国家机器，支配了整个善后过程，以及有关马来西亚未来发展的一系列的重大安排。由于事件的发生，证明马来西亚的族群团结出了问题，所以，一系列重大的善后工作主要就是围绕着如何维护和巩固族群团结这一目标进行的，当然，其当务之急是恢复和巩固安定的社会局面，至于其善后政策的理论出发点，则是马来人领袖对于事件原因的上述剖析。
以下这些有重要影响作用的决策都是在国家处于“紧急状态”（1969年5月14日至1971年2月23日）下制定和实施的。
第一，成立国家团结机构。
国家行动委员会和新内阁组成后，尽管国家仍处于“紧急状态”时期，但是，“五一三”事件之后实行的一些重大措施，还需要广泛听取民意，尤其是各族群的民意。于是，以tunku为主席的国民亲善委员会( national goodils)于1969年7月成立，其目的是推动马来人与华人之间开展对话，以达成谅解，并在马来西亚各地设有分支委员会。1970年1月，又成立了国民团结局(tional unity)和国民顾问委员会(tive council)两个政府机构。后者几乎扮演了临时国会的角色，其作用是“为族际合作和社会整合制定积极实用的指导原则，以推动马来西亚的国民认同。”所以具有比较广泛的代表性。其成员包括国民行动委员会的各部长，亦有来自各州、各政党、沙巴、砂拉越、宗教团体、职业机构、公共服务部门、工会、雇主协会、媒体、教师、少数群体等的代表，以期在一些重大决策上，通过这些代表来达成广泛的一致。
第二，打击并控制激进的马来民族主义势力。
1969年种族骚乱发生之际，正值巫统内部权力之争变得严重之时。当时，tunku abdul raan的统治地位已面临挑战，骚乱发生后，他的处境就更加艰难了。原因是骚乱的发生，使党内一些激进分子和社会上的马来民族主义分子觉得更加有机可乘，所以就公开向他发难，要求他辞职，理由是他持多元族群立场。这其中最具代表性的人物乃是后来亦成为马来西亚内阁总理的dr.ad，当时他是一位激进的马来民族主义者，并已是巫统最高委员会成员，但在1969年大选中作为候选人竞选失败。1969年6月18日，他给tunku写信，指责他偏袒华人，要求他辞去总理职位。这封信被媒体披露后，导致马来亚大学的马来学生在校园举行游行示威，要求tunku辞职，理由也是他对华人立场不够强硬，并没能改善马来人的经济地位。当时巫统还有一位激进的马来民族主义的代表人物，这就是tun abdul razak的副部长。马来民族主义分子也有一个号称“青年土耳其”(turkan an sri syed nasir。该组织和巫统中的激进分子联合发威，要求该党放弃与华人和印度人政党的联盟，实行一党专政，对非马来人持不妥协立场，尤其充满敌视华人情绪。这些个人和组织的活动，已对恢复社会秩序的努力构成严重威胁，迫使tunku政府在获取军方支持下，采取了严厉打击措施，am则以出国“休假学习”的名义削去了副部长一职，与此同时，其他马来民族主义激进分子和马来激进学生的活动亦逐渐得到有效控制。
第三，《1948年反煽动法》之修订。
鉴于1969年竞选过程中族群问题被严重激化的教训，国民行动委员会在国民顾问委员会的支持下，于11月20日修改了《1948年反煽动法》( 1948)，该法令的第三条第一款在1971年2月23日国会复会后，经进一步修改作为宪法修正案内容的一部分获得通过，即变为宪法第十条第四款。该款将国家元首或各州统治者的主权、公民身份法、马来语作为惟一的国家和官方语言、土著（buras）的特殊地位和权利以及伊斯兰教作为国教的地位等，都列为“敏感的种族问题”，禁止进行公开讨论、质问，尤其是取消了国会讨论这些问题的特权，无论是联合邦议会还是各州议会。该宪法修正案还特别授权国家元首指示有关高等教育部门，按一定比例为马来学生保留医学、工程和科学等课程名额。
第四，去英语的官方语地位。
在马来政治领袖看来，语言是实现国民团结、国家认同的重要工具，所以，“五一三”事件平息后，进一步巩固国语地位，早日使马来语成为惟一官方语言的工作就提到了议事日程。1969年7月30日，教育部正式推出了一项分阶段推动马来西亚语( bahasaysia)计划。根据这项计划，1970年从小学一年级开始，马来语将分阶段成为半岛马来西亚学校的主要教学媒介语。届时英语只能作为第二语言来教授。根据制定的时间表，到1982年，所有中学包括中六都要用马来语教学；然后，从1983年开始，所有大学一年级课程都要用马来西亚语讲授，直到逐渐推广到所有年级的课程为止，外语教学则除外。
第五，公布国家原则。
1969年种族骚乱发生后，国家加强了社会意识控制，并视此为团结国民、统一思想、实现国家共识的一个手段。为此，在1970年8月30日的国庆日，国家元首正式颁布了指导国民思想建设的“国家原则”(rukun negara)，共由五大“信条”组成：信奉上苍(
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