庄子认为知识与智慧并没有必然的关系甚至与之相反，他说：“学问渊博的人，不必有真知；善于辩论的人，不必有智慧。”（《徐无鬼》）这当然这同那时各家争论不休有关。同样的想法，尼采极力要“限制无限制的知识冲动”，说“做哲学家不做学者”。在人们每天都被各种信息包围的现代社会，“知识”不论常用与否都是人受欢迎的，“百万富翁”之类的游戏更把知识与金钱直接联系起来。
《庄子》的很多句子都要人细细品味，如《知被游》这句：“道可以说是开始和终结，但却不是开始和终结；它也是物的聚积与消散，可是又不是聚积与消散本身。”
科学家探索物质，竟在粒子中失去它；他探索生命，又在原形质中失去它；他追寻意识，却有在脑波中失去它。只能这样解释，事物的本质是“无形”的。
《庄子》谈论到，“有生、有死、有显、有灭，但都无法看清显灭的途径，着就叫‘天门’。天门便是‘无有’，而万物就是从‘无有’产生出来的”。无和有的统一就是“道”了。《庄子》有说到，“大道的生与灭都没有原因，它有具体的事实而没有可见的出处；有长久的渊源而没有开始的根本”。
万物的变化都有着时间和空间的因数，所以《庄子》继续说，“有生的处所而看不见窍孔但却有具体的事实，不确的所在，这样就构成了空间（宇）；有长久的渊源而没有开始的根本，就形成了时间（宙）”。这种说法和现代自然科学是吻合的。他肯定了时空的统一，同时有否定了空间是纯粹的虚空，说空间是“具体的事实”，是物质的运动。为什么说时间“有长久的渊源而没有开始的根本”呢？时间是在大爆炸之后出现的，在此前只有逻辑上的“虚时间”，按道家的说法这是无有，是道的“本性”。道的本性自然是永恒的，时间所以没有开始。
与道家追寻宇宙之迷不同，儒家把时空的哲学直接运用到“礼”和“乐”的学说上，认为“乐发自内心，礼自外来”。“乐”是生命的节律，是内在性时间；礼，是生命的表达，是外在性的空间。礼表现宇宙的秩序和创造的形体。所以礼使人区别和彼此尊重，乐使人感情融洽和彼此亲近。和谐故能化生万物，秩序能显出品级。
在《山木》一章，又提到大树。这个故事是《庄子》的精华之一：庄子行走于山中，看见一棵大树枝叶十分茂盛，伐木的人停留在树旁却不去动手砍伐。问他们是什么原因，说：“没有什么用处。”庄子说：“这棵树就是因为不成材而能够终享天年啊！”庄子走出山来，留宿在朋友家中。朋友高兴，叫童仆杀鹅款待他。童仆问主人：“一只能叫，一只不能叫，请问杀哪一只呢？”主人说：“杀那只不能叫的。”第二天，弟子问庄子：“昨日遇见山中的大树，因为不成材而能终享天年，如今主人的鹅，因为不成材而被杀掉；先生你将怎样对待呢？”
庄子笑道：“我将处于成材与不成材之间。处于成材与不成材之间，好像合于大道却并非真正与大道相合，所以这样不能免于拘束与劳累。假如能顺应自然而自由自在地游乐也就不是这样。没有赞誉没有诋毁，时而像龙一样腾飞时而像蛇一样蜇伏，跟随时间的推移而变化，而不愿偏滞于某一方面；时而进取时而退缩，一切以顺和作为度量，优游自得地生活在万物的初始状态，役使外物，却不被外物所役使，那么，怎么会受到外物的拘束和劳累呢？这就是神农、黄帝的处世原则。至于说到万物的真情，人类的传习，就不是这样的。有聚合也就有离析，有成功也就有毁败；棱角锐利就会受到挫折，尊显就会受到倾覆，有为就会受到亏损，贤能就会受到谋算，而无能也会受到欺侮，怎么可以一定要偏滞于某一方面呢！可悲啊！弟子们记住了，恐怕还只有归向于自然吧！”
这个故事告诉我们世界上，有时侯正是对的，有时侯反才正确，所谓正与反只是相对的，智者能洞析事物的本然，使自己达到“逍遥”的境界。道不偏向阳亦不偏向阴，而是使阴阳二气相交从而产生宇宙万物。同样，人要以辩证的思维分析事物，解决问题才能不陷入两难选择的死胡同。阴阳不测谓之神，能力逍遥于阴阳不测的人，可算是神人。
《礼记》认为：伟大的德性，不专任一种职务；伟大的道理，不局限于意识一事一物。
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