判处无期徒刑（减死罪一等）。朝廷拜董卓为东中郎将，接替卢植在冀州平定黄巾军，但董卓战败。同年八月，由左中郎将皇甫嵩统率的另一支政府军已平定兖州东郡黄巾军，朝廷则改派皇甫嵩前往冀州平定黄巾军。皇甫嵩不负众望，最终凯旋而归。皇甫嵩返回雒阳后，上书给刘宏，将平定冀州黄巾军的功劳推给卢植，于是卢植官复原职，仍任尚书。中平六年（189年），刘宏驾崩，大将军何进掌控朝政，何进听信袁绍等人的建议，意图铲除宦官，甚至征召并州牧董卓进京，卢植知道董卓必为后患，竭力劝阻，而何进不听。同年八月，发生政变，何进被杀，董卓进京，掌控朝政。董卓意欲废黜少帝刘辩，拥立陈留王刘协为帝，便召文武百官商讨，当时无人敢言，只有卢植独自一人出来反对，董卓大怒，下令将卢植处死，蔡邕为其求情，而议郎彭伯也赶紧出来劝阻董卓说：“卢尚书是海内大儒，士人之望！如今若杀他，天下人都会震惊失望。”董卓这才作罢，仅将卢植免职而已。不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡涿县。等董卓批准后，卢植便走小路离开雒阳，董卓果然派人追杀而不及。卢植便隐居在幽州上谷郡，不问世事。初平二年（191年），袁绍取得冀州，拜卢植为军师。初平三年（192年），卢植逝世。临终前，卢植让其子挖土穴薄葬，不用棺木，只有贴身单衣而已。曹操评价卢老师：故北中郎将卢植，名著海内，学为儒宗，士之楷模，国之桢干也。建安十二年（207年），曹操率军北伐乌桓，途径涿县，下通告称赞卢植的生平，并派人为其扫墓。
卢老师的一生是一个品德高尚的士大夫，一个纯粹的士大夫，一个忠心为国的士大夫，一个脱离了低级趣味的士大夫，一个有益朝廷的士大夫。在我的心里比较佩服卢老师的倒不是这些，因为那时我还没有达到这样的全面评价一个人的高度，我倒是认为卢老师最值得我学习的是：一，时刻关心时政，在布衣的时候就像古人曹刿一样做“肉食者谋之”的事情，上书朝廷指出施政时弊，二，勇于毛遂自荐，在文化教育上亲自投身到这项伟大的事业当中，因为文化教育事业不会因为朝代的更迭而中断，会不断地扬弃。这才是真正的民族之魂。
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