明代末年，李自成起义军贺锦部曾挥戈西进，控制西宁地区达1年之久，势力达青海湖地区。贺锦在西宁不幸遭地方豪强势力杀害。随着清王朝的建立，大顺军在西宁地区的活动也宣告终结。
清初，基本沿用明朝统治制度。清廷重新任命相继投降清朝的原有士官为世袭土司，使其成为维护封建统治的重要力量。世祖顺治十五年(1658年)改西宁副将为西宁镇总兵，加强了对青海东部地区的军事戍守。康熙、雍正时，清廷多次对割据新疆不断进行分裂活动的准噶尔部噶尔丹等用兵，在柴达木盆地西部增设卡伦，派兵防守。
噶尔丹败亡后，青海蒙古诸台吉归顺清朝。圣祖康熙三十六年(1697年)十一月，青海厄鲁特蒙古首领达什巴图尔(固始汗之子)偕诸台吉入京觐见，清廷封达为和硕亲王。康熙五十七年(1718年)，皇十四子允褆出任抚远大将军，率清军从青海分南北两路进军**，驱逐侵藏准噶尔部军。事平之后，清廷不再晋封青海蒙古首领为**汗王，并对青海和硕特蒙古贵族罗卜藏丹津(固始汗之孙)的权势实行限制和防范，这便引起了罗卜藏丹津的极大不满。世宗雍正元年(1723年)，罗卜藏丹津以“恢复先人霸业”为口号，发动叛乱。次年，清廷遣抚远大将军年羹尧、四川提督岳钟琪率大兵进剿。
平息叛乱后清廷采纳了年羹尧所奏《青海善后事宜十三条》和《禁约青海十二事》，对青海的地方建制作了较大调整，采取多种措施全面加强了中央集权：1雍正初，清廷设钦差办理青海蒙古番子事务大臣(简称青海办事大臣)，直隶中央“理藩院”，管理青海少数民族地区和蒙藏两族事务。2将青海蒙古编为29旗，各旗由札萨克(旗长)统领，划定各旗游牧地界；清查青海藏族户口，委任千、百户，将藏族部落原隶蒙古部落改为由就近地方官府管辖。3雍正二年，改西宁卫为西宁府，下设西宁县、碾伯县和大通卫。至道光九年(1829年)，东部河湟地区的行政建制为1府3县(西宁、碾伯、大通)4厅(巴燕戎格、丹噶尔、循化、贵德)。4建立祭海会盟制度，由朝廷派员主持祭祀青海神，并对黄教寺院进行整顿。5雍正五年，设大通镇总兵(驻今门源回族自治县，十三年改为副将)，并在西宁、北大通、贵德、循化等地增添马步守兵，加强了军事力量的配置。(见平定罗卜藏丹津叛乱)
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